1650年（永曆四年、順治七年）十一月，清尚可喜、耿繼茂部攻克廣州，孔有德部占領桂林，駐於梧州的永曆君臣在同一天裏得到兩省省會陷落的消息，立即亂成一團。朱由榔在十一月十一日倉促登舟，向南寧逃難。經過潯州時，慶國公陳邦傅已經決定投降清朝，準備邀劫永曆帝獻給清方。朱由榔得到報告，“衝雨而過”，脫離了危險。陳邦傅沒有抓到永曆帝，就把從平樂戰敗後撤到潯州地區的明宣國公焦璉刺殺，將其首級獻給孔有德做進見禮[34]。
當時的情況表明永曆朝廷已經接近於瓦解，從上到下是一片混亂。清軍占領廣州和桂林，形勢固然危急，但在兩廣地區南明還有一些軍隊據守著殘疆剩土。杜永和等在廣州失陷後航海到瓊州府；南陽伯李元胤還活動於廣東欽州、廉州；清軍在占領兩省省會之後也需要一段時間休整。可是，朱由榔生性懦弱無能，一有風吹草動立即“起駕”逃難。他從梧州竄往南寧時，根本沒有做留守地方的任何部署，像普通百姓一樣隻知逃命要緊。“移蹕”後，梧州竟然“空城三月”[35]，次年正月孔有德遣左翼前鋒馬驥接管梧州，二月命總兵馬蛟麟鎮守該地[36]。跟隨永曆帝逃難的隻是內閣大學士嚴起恒、錦衣衛馬吉翔、太監龐天壽等少數官僚。由於撤退時的漫無組織，亂兵乘機劫掠，一些有心追隨朝廷的官員也裹足不前。原先聚集於兩廣的朝廷和地方官員大有樹倒猢孫散之勢。除了鎮西將軍朱旻如在昭平縣同清軍格鬥而死，被革職的朝臣汪皞投水自盡以外，其他未隨駕的官員有的降清，有的竄入深山，有的剃發為僧。如大學士唐誠、戶部侍郎張尚、大理寺丞吳德操、廣西巡撫餘心度、督糧參議魏元冀等均先後降清[37]；原戎政尚書劉遠生及其弟劉湘客等避入深山，魯可藻、錢秉鐙、王夫之等人都是在這時脫離永曆朝廷返回清政府統治下的故鄉以明朝遺民自居。“山中宰相”方以智、原給事中金堡做了和尚。以風節自命的“五虎”首領袁彭年（左都禦史）和丁時魁再次降清，都自稱1648年在廣州反正是被李成棟所逼迫。袁彭年在廣東向尚可喜等人投降，獻上贓銀八百兩，得保殘生；丁時魁在廣西降清，向孔有德搖尾乞憐，被任為清廣西學道。