建安二年（197），曹操欲東擊呂布，又恐袁紹西擾關隴，南誘蜀漢，與之抗衡。曹操想物色一個人物去鎮撫關中。荀彧向曹操推薦鍾繇，說：“侍中、尚書仆射鍾繇有智謀，若屬以西事，公無憂矣！”於是，曹操表鍾繇以侍中守司隸校尉，持節督關中諸軍。鍾繇至長安，移書馬騰、韓遂等，撫以恩德，為陳禍福。於是，馬騰、韓遂表示要效忠朝廷，並各遣子入侍為質。這樣，曹操消除了西顧之憂，得以放手爭奪中原。
鍾繇暫駐弘農（今河南靈寶西），以撫關中。時經戰亂，關中荒蕪，人民幾乎散盡，鍾繇招納流亡，供給耕牛、農具，使勤耕積粟，經濟得以恢複。建安五年（200），曹操在官渡與袁紹決戰，鍾繇又送馬一千匹給前線，供作戰之用，大大增強了曹操的騎兵實力，對戰爭的勝利起了重大的作用。後曹操給鍾繇的信中，將其比為漢之蕭何，讚曰：“得所送馬，甚應急。關右平定，朝廷無西顧之憂，足下之勳也，昔蕭何守關中，足食成軍，亦適當爾。”
建安七年（202），曹操率軍擊河北袁尚、袁譚。袁尚派所置河東太守郭援與並州刺史高幹率軍數萬人，進攻河東。並遣使爭取關中諸將聯合反曹，諸將猶豫未決，欲擁兵觀望成敗。時匈奴南單於起兵據平陽（今山西臨汾西南）以應之，鍾繇率諸軍圍平陽。城未拔，而郭援率兵來救。其眾甚盛，所經城邑皆下，部下諸將恐不勝，欲撤圍避其兵鋒。鍾繇說：“袁氏方強，（郭）援之來，關中陰與之通，所以未悉叛者，顧吾威名故耳，若棄之去，示之以弱，所在之民，誰非寇仇，縱吾欲歸，得其至乎！此為未戰先自敗也。”又說：“援剛愎好勝，必易吾軍，若渡汾為營，及其未濟擊之，可大克也。”此前，鍾繇又派張既去爭取馬騰之援。張既為陳利害，說服了馬騰，於是馬騰派其子馬超率精兵萬人與鍾繇軍會合。