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圖爾古特已經想盡了一切辦法來重創騎士團。
6月18日，在他做出最後一個建議——動用所有的力量切斷聖艾爾摩堡的對外通道，讓它成為一座死城後，他自己的生命走到了盡頭。
他的死，一個最主要的原因是他不屑於在基督徒的炮火下尋找掩體。那天，他正與穆斯塔法一起巡視新炮台和護牆的建設工作，突然一發炮彈落在他身邊。炮彈爆炸後，被擊碎的岩石塊擊中了他的右耳上方，他當即倒地，鮮血流了一地。後來一個土耳其逃兵將圖爾古特陣亡（重傷後拖了幾天才死亡）的消息告訴了騎士團。更讓穆斯塔法鬱悶的是，另一名高級軍官阿迦也被炮彈擊中陣亡（聖艾爾摩堡的指揮官安東尼·格魯諾指揮一門炮擊中了禁衛軍的軍需總監阿迦，他的軍階僅次於穆斯塔法本人），穆斯塔法試圖封鎖高級軍官陣亡的消息，但顯然也是徒勞的。
6月19日，守軍依然頑強地作戰，間諜告訴蘇丹5月就能拿下這座城堡，但實際上城堡已經堅守到了第二個月。當天夜晚，土耳其人完成了最嚴密的封鎖，團長再也不能輸送援軍進來了。
經過最後的慘烈作戰，聖艾爾摩堡於6月23日陷落。它在被徹底切斷所有外部援助後仍堅持了3天之久。聖艾爾摩堡保衛戰一共進行了31天，騎士們在勢單力薄的條件下創造了奇跡。
穆斯塔法終於拿下了這座堅固的城堡，但他付出的代價是慘重的。為了報複，他將俘虜全部處決159，除了5名騎士160，還有少量馬耳他民兵遊過大港灣得以幸存。關於土耳其人的陣亡人數一直沒有明確說法，根據多方記載進行估算，應該在8000人左右，而騎士團陣亡了1500人。
土耳其人的下一個進攻目標是森格萊阿，在這之前，騎士團迎來了一小隊援軍。這支援軍在聖艾爾摩堡陷落的那一天到達戈佐島北部海域，一共4艘船，他們從墨西拿出發，船上有42名騎士、25名誌願者、56名經驗豐富的炮手和600名西班牙步兵。