隨著日本的降伏，大明帝國北方已基本穩定。大明帝國的海軍想衝出亞洲，走向世界，台灣和安南的作用顯得越來越重要。工部基本上停止商船製造，全部轉入戰艦製造。天津，杭州港兩艦隊在負責日常巡邏的同時，擔負起訓練水軍的任務。
而祖大壽也沒有令朱顯波失望，特種部隊到達日本幾個月後就有銀兩陸續運回大明。並開始在大明推行大明銀元。祖大壽也是深得朱顯波真傳，知道如何明暗結合，從而抓住根本，從軍事上和民心上根本實現殖民統治。當然朱顯波不忘提醒祖大壽，多多提攜吳三桂，同時在征得祖大壽同意後將祖大壽家眷送往日本，讓其團員，並留下幾名特種兵包圍祖大壽的人身安全。這個讓日本總督是朱顯波的有一個錢袋子啊。
國內方麵，徐光啟的科技已經將加農炮改進，射程增加了三分一，威力更大，稱為重加農，建貞九年五月開始列裝水師。
而新造戰艦全部采用長四十丈，寬十五長平地寶船，外裹半寸厚鐵皮，船艙內空間大量增加，甚至增加了養殖室，負責養些豬和雞等，甲板上夜固定了許多小平台種植新鮮蔬菜，如果不是船體前部兩方各有一個武裝炮台，人們可能認為這是一艘豪華遊輪。整船采用了朱顯波當初計劃的三層炮舷，總共能安裝一百門火炮，船的戰力明顯提升。
有了更多的戰船，朱顯波立即讓龍康仔等人帶員訓練。但這次沒有急著組建第三艦隊，朱顯波另有打算，一方麵要加強現有的艦隊船隻和戰鬥力，另一方麵，新戰艦還需要海戰的檢驗。而下一場海戰在哪裏呢，朱顯波環顧四周開始思量起來。台灣和安南，這兩個現成的靶子，必須就那塊拿下。
朱顯波還是那招先禮後兵，命禮部前往台灣和荷蘭人談判，要求荷蘭人讓出台灣，大明朝可以保留荷蘭人的一些官邸，並允許荷蘭人跟大明以及日本等國進行商貿往來。