10月，沉悶了許久的中國響起一聲春雷。王淦昌無比激動，他說：這是更大當量的核爆炸！我要繼續努力為國家作貢獻。
1978年，王淦昌奉命從綿陽調回北京，任二機部副部長，並兼任中國原子能研究所所長。在這之前的三個月，他再次當選第五屆全國人大常委會委員。
1979年10月20日，72歲的王淦昌實現了他畢生的追求，成為一名光榮的中國共產黨黨員。
1980年2月，他被推選為新成立的中國核學會理事長，同時還被選為中國科協副主席。這一年，他進中南海為中央領導同誌作了題為核能當代重要能源之一的報告，從此致力於中國核電站和其他核能科研的領導與組織工作。
1982年，75歲的王淦昌主動辭去二機部副部長等職，仍兼任原子能研究所名譽所長。
83年，第六屆全國人大會上他再次當選常委委員。
1984年，王淦昌親自主持和指導秦山核電站及北京的強流電子直線感應加速器論證等。
1986年，他與王大珩等著名科學家向黨中央提出跟蹤國外高新技術發展的建議，即著名的中國863計劃。
1987年，王淦昌主持國家神光激光裝置鑒定會，並在80壽辰時發表有關中闡激光研究的重要論文。
1988年，他與王大珩、於敏等物理學家向國務院提出將激光核聚變列人863計劃，並獲得批準。
1989年，王淦捍赴蘇聯杜布納訪問，被莫斯科大學授予名譽博。
1990年2月，他與錢三強、李覺、薑聖階聯名寫信給江澤民、李鵬同誌，就中國發展核電站提了建議，由他領導的氟化氪準分子激光研究取得重要進展。
1991年，王淦昌接受國家對863計劃作出貢獻的獎勵。
1994年，王淦昌向863計劃提出五點新建議，受到國家重視。
1995年，他與錢學森，黃汲清大慶油田發現者和王大珩一起獲得李鵬總理頒授的何梁何利基金優秀獎。