1881年 9月25日生於紹興城內，取名樟壽，字豫山（後改名樹人，字豫才）。
1887年 入家塾讀書。
1892年 入三味書屋讀書。幼時常隨母親魯瑞到農村中的外祖母家。
1893年 祖父周福清因科場案入獄，為避牽連，往鄉下親戚家避難數月。
1894年 父親周鳳儀病重，為治父病，常出入於當鋪和藥店。
1896年 父親病逝，終年三十六歲。
1898年 5月，赴南京考入江南水師學堂。10月，改考入江南陸師學堂附設的礦務鐵路學堂。開始閱讀新書新報，如嚴複譯述的《天演論》等。
1902年 1月，從礦務鐵路學堂畢業。3月，公費赴日本留學。4月，入東京弘文學院。課餘常參加中國留日學生的反清民族民主革命活動。
1903年 剪辮，攝“斷發照”，作《自題小像》，發表《中國地質略論》，翻譯儒勒·凡爾納的《月界旅行》《地底旅行》。
1904年 4月，從弘文學院畢業。9月，進入地處日本東北偏僻小城的仙台醫學專科學校學醫。
1906年 3月，從仙台醫學專科學校退學，至東京，一麵從事文藝活動，一麵學習德語。夏，奉母命回紹興與朱安完婚。
1907年 與許壽裳、周作人、蘇曼殊等籌辦《新生》雜誌，因經費短缺未能如願。在《河南》月刊發表《人之曆史》《文化偏至論》等。
1908年 與許壽裳、錢玄同、周作人等請章太炎在民報社講文字學，每周一次，約半年。
1909年 3月，與周作人合譯的《域外小說集》第1冊出版；7月，第2冊出版。8月，回國。9月，赴杭州任浙江兩級師範學堂教員。
1910年 9月，任紹興府中學堂監學兼博物學教員，課餘開始輯錄古籍。
1911年 10月，辛亥革命爆發。11月，任浙江山會初級師範學堂監督。
1912年 2月，赴南京任教育部部員。5月，隨教育部到北京，住宣武門外紹興縣館內。8月，被教育部任命為僉事、社會教育司第一科科長；公餘輯校古籍，研究佛學，搜集、研究金石拓本。