2006年3月22日，生物納米園、創意產業園正式開建。國內第一個創業投資引導基金也在蘇州工業園區設立，首期總額達10億元。
2006年3月，蘇州工業園區科技創新大會召開，再次出台了《關於增強自主創新能力、建設創新型園區的決定》和《蘇州工業園區引進高層次人才和緊缺人才試行辦法》等新政策。2006年4月16日，位於蘇州工業園區北部的中新科技城開工。同月，國家知識產權局正式批準蘇州工業園區為“國家知識產權試點園區”，這是目前江蘇省惟一的國家知識產權試點園區。5月24日，落戶園區國際科技園的新電信息科技(蘇州)有限公司正式通過了軟件企業能力成熟度最高級別CMMI5級的認證，成為蘇州市第一家、江蘇省第二家通過此項認證的軟件企業。8月24日，蘇州工業園區中國新加坡聯合協調理事會第八次會議在北京舉行，會議提出盡早把蘇州工業園區建成一個最具國際競爭力的高科技工業園區，科技部正式成為中方理事單位。9月18日，中國科學院、江蘇省政府、蘇州市政府在蘇州工業園區共同簽署了共建中國科學院蘇州納米技術與納米仿生研究所協議，這是蘇州市首個國家級研究機構，總投資達5億元。這年12月，財政部、國家稅務總局、商務部、科技部確立在蘇州工業園區進行鼓勵技術先進型服務企業發展試點工作，列入試點的企業將獲得優於現有高新技術企業的稅收優惠政策。
“‘有所為、有所不為’，是我們園區發展高新技術產業的一個重要原則。近年來，園區堅持整體推進與重點突破相結合，不斷做大IC設計、軟件外包、嵌入式軟件研發、動畫影視、生物醫藥、納米技術等對區域發展有戰略意義的科技產業。……”園區科技發展局局長張東馳介紹說。
進入2007年後，園區推進科技創新的力度更如長江後浪推前浪。3月7日，《蘇州工業園區鼓勵科技領軍人才創業工程實施意見》正式出台。這項《實施意見》規定，凡經園區管委會評審合格後，單個企業可獲2000萬元左右資金支持。與此同時，園區還相應建立了1億元創投風險貼補基金，專項用於創業風險跟進投資，使科技創新型人才及研發機構有了更大的投資積極性。此項政策一出台，惹得世界各地的那些熱心科技創造發明者和投資家心旌鼓**，紛紛湧向美麗的姑蘇城東那個金雞湖畔。