萬曆生父隆慶皇帝的原配陳氏，北直隸人，隆慶元年（1567年）冊為皇後，但身體孱弱，多病無子。萬曆對待這位嫡母倒也孝敬如常，即位後上尊號為“仁聖皇太後”，與生母“慈聖皇太後”兩後並尊。
萬曆的生母“慈聖皇太後”李氏，北直隸順天府漷縣人。漷縣地處今北京東南八十裏，地臨通惠河，金代為縣，元代為州，明代又降為縣，後屬通縣，又降為鄉鎮，稱漷縣鎮。李氏家境清貧，父親是泥瓦匠，為了生計，幼年被賣到通州陳家做使女，與陳家姑娘相處很好，情同姊妹，這位陳姑娘即後來的“仁聖皇太後”。正因為有這一層交往和關係，李氏被招入宮，並有機會被穆宗朱載垕看中，先是暗結珠胎，繼之選為宮嬪，生下了兒子萬曆皇帝。根據母以子貴的成例，李氏被尊為“慈聖皇太後”，與“仁聖皇太後”一直友善如初。
成為慈聖皇太後的李氏，深知自己出身寒微，在母儀天下後，仍不忘本心，對娘家人等管束甚嚴。史載，父親李偉通過關係，撈到一個為軍中織造布匹的肥差，但依恃權勢大耍其奸，布料以次充好，從中漁利，引起軍中不滿。萬曆得知，取布檢驗，果然如此，遂報告皇太後。慈聖聞言大怒，傳諭嚴辦。當時的輔臣閣老張居正為照顧皇親的麵子，下令處罰了幾個協助其偷奸耍滑的人員，未動李偉一根毫毛。慈聖皇太後得知，認為處罰不當，召李偉父子入宮，令其跪在仁德門前。慈聖太後親升隆道閣，曆數其罪，李偉父子慌恐不敢辯，當眾認罪。此一舉動，在朝野引起極大震動。
入宮後的李氏，不知何時，竟信奉起佛教來。退居二線成為慈聖皇太後，對佛教更是篤信不已。宮中人為討她喜歡，說她是九蓮菩薩化身，這位皇太後也就以菩薩自居起來。上有所好，下必迎之，有善於拍馬溜須的官員，為討這位聖母歡心，索性在北京長椿寺懸掛起慈聖的九蓮菩薩影像，慈聖皇太後本人順勢而為，直接把佛祖舍利迎到宮中供奉，之後又送往房山雲居寺雷音洞安葬。為表示自己信仰的虔誠，慈聖通過皇帝兒子詔諭，在京城內外建築佛寺，如京西八裏莊經她施舍修建的慈壽寺，規模龐大，是為京西巨寺。曆四百多年風雨剝蝕，佛寺雖已坍塌不存，然十三級磚塔至今仍高聳入雲，成為京西一大風景名勝。