針對陳顯丹的這一說法，四川大學教授林向明確指出，三星堆古城既不是毀於杜宇攻擊的戰火，亦不是終結於援周伐商的事件，而是毀於一場特大洪水的侵襲。就在1986年的那次著名的多方聯合發掘中，在三星堆的北麵、古城內建築群之間，考古人員發掘出一條壕溝。經林向測量，溝內的文化層堆積超過2.5米，根據土色土質共劃分為十六層。後來經碳14測定，文化層的最早年代距今約四千八百年左右，其探方的剖麵幾乎構成了川西平原近五千年來的世紀標尺。
林向（右）與學生在三星堆發掘現場考察
三星堆遺址第三區坑位圖，中間為考古人員留出的關鍵柱，柱上可見洪水導致的淤土堆積（林向攝）
就在考古人員正在發掘的某一天，四川省水利研究所的幾名工程師特地來工地參觀考察。當他們站在壕溝邊聽完林向的介紹後，麵對發掘後特意留下作為研究之用的巨大“關鍵柱”久久審視不去。在這根“關鍵柱”的剖麵上，可以看到整體為十六層的文化堆積中，第七層是個明顯的分界層。這是厚約20-50厘米的洪水淤泥層，頂麵呈水平狀，底麵則隨第八層的頂麵形狀而傾斜，呈凹凸不平狀。發掘時，考古人員清楚地觀察到這一淤泥層在壕溝及其周圍存在，顏色為青黑色，純淨而幾乎沒有什麽包含物，隻是在底部發現過一柄長24厘米的柳葉形銅劍。在這一層之上，1-6層分別是現代耕土層到東周層。下麵的8-16層，根據地層疊壓與陶器形態分析，可分為四期：
第一期，時代相當於新石器時代晚期。
第二期，時代相當於夏、商之際。
第三期，出土一組有特色的陶器，如小平底罐、鳥頭把勺、高柄豆形器、杜鵑、綿羊等，還有一個被反縛的無頭石人像，相當於商代中期。
第四期，富有特征性的文化發展到鼎盛，相當於殷末周初。建築遺址分屬於第三、四期，整個漫長的文化堆積看上去在第七層突然產生了斷裂。