光緒三十四年十月二十一日酉刻（1908年11月14日傍晚），年僅三十八歲的光緒皇帝駕崩於西苑南海中的瀛台。當內務府幾個臣僚聞訊匆匆趕到四麵環水、與世隔絕的南海瀛台光緒生前被囚禁的涵元殿時，見光緒的臥室裏，到處布滿了亂絲的蜘蛛網，四壁的糊牆紙已經發黃脫落，牆角露出青綠色的牆磚，散發出一股潮濕腥臊的黴味。寒冷的湖風穿過破爛不堪的窗戶，呼呼啦啦地吹動著床前的幔帳，那黃色的幔帳因歲月的剝蝕而變得異常陳舊和慘白。床前的方磚上，殘留著嘔吐物和湯藥的痕跡。這位倒了一輩子黴的光緒皇帝，直挺挺地僵臥在一張形似破爛的鋪板上，胸腹塌陷，兩胛暴突，肋骨支離，嘴巴大張。那未能閉上的眼睛，放著怨恨、悲苦的慘光，眉宇間那道由於怨憤不平而蹙在一起的皺紋，依然未能伸展開來。青白的臉上泛著冷光，這種光隨著光緒已出竅的靈魂，飄忽遊**於正在操持後事的太監身上，並將幾張醜陋的臉染上了一層死灰色。整個涵元殿籠罩在一片死寂與恐怖之中。
就在光緒駕崩的第二天下午（未刻），統治大清王朝達半個世紀之久的慈禧，在西苑儀鸞殿撒手人寰，歸天而去。
光緒和慈禧在二十四小時之內相繼崩亡，而他們母子二人生前的關係又是那樣劍拔弩張，並欲置對方死地而後快，這不僅在清代曆史上所未有，亦為中國曆史上所罕見。因而，當這個消息傳出時，朝野驚駭，中外嘩然。慈禧的崩亡，似在情理之中，但光緒的駕崩，卻讓人感到突然，感到意外，感到不明不白，感到其中必然暗藏了殺機和陰謀。於是，驚愕之後，各種猜測和議論遍布廟堂之內、市井之中，關於光緒駕崩的隱秘傳言也不斷從宮中傳向民間。據一位名叫屈桂庭的醫生透露，他於光緒三十四年十月十八日最後一次進宮為皇帝診病時，發現光緒本已逐漸好轉的病情突然惡化，在**亂滾，大呼肚子疼痛難忍。三天後，光緒帝駕崩了。此言傳出，又帶出了一連串深宮內幕。從這些內幕來看，光緒有極大的可能死於謀殺，隻是誰是凶手，卻又分出幾個枝節。在諸多被懷疑者中，首當其衝的當然是慈禧。這位向來以陰險、刻毒、專權著稱的女人，自知病入膏肓，不久於人世，她不願讓自己的政敵光緒在她死後再掌朝政，便秘密派人將光緒先行謀斃了。此種說法在當時廣為流傳，並為許多人所相信。還有一種傳聞是，光緒帝被囚禁後，被置於李蓮英的嚴密監視之下，同時李蓮英又經常製造一些不利於光緒的謊言去告知慈禧，光緒帝自是對他痛恨異常。而與李蓮英沆瀣一氣的太監崔玉貴，在慈禧西逃的1900年，直接殺害了光緒帝的珍妃，光緒帝自是對他恨之入骨。正因如此，李蓮英、崔玉貴在確切地得知慈禧馬上就要歸天的最後一刻，二人經過密謀，決定先將光緒害死，免得慈禧死後，光緒重操權柄，對自己不利。二人謀計之後，遂暗使手下一個名叫宋小胖子的太監，襟懷利刃，伺機刺殺光緒。後刺殺未果，李蓮英、崔玉貴又在光緒帝的進食中暗中下毒，終使這位年輕的皇帝含恨而去。還有一種傳聞，說袁世凱出於和李蓮英、崔玉貴同樣的心理，在光緒帝的進食中做了手腳，致使光緒一命嗚呼！到底光緒死於誰手，這又成為晚清曆史上一大懸案，留給後人破解了。