夏代紀年已有結論，接著要敘述的是商代紀年的推定。
根據夏商周斷代工程的課題設置，整個商代以著名的殷墟文化為界，分為商前期和商後期兩部分，每一部分各設幾個小的專題。
建立商前期年代學框架的主要依據是商前期考古學文化的分期與測年，以及商前期都城的曆史地理學研究和古代文獻有關商年記載的研究。
從考古學的角度看，屬於商前期的重要遺址有鄭州商城、偃師商城、鄭州小雙橋遺址、安陽洹北花園莊遺址、邢台曹演莊遺址和東先賢遺址等。如果以上述遺址的發掘和分期研究為基礎，便可以建立起比較完整的商前期考古學文化序列。當然，在這幾處遺址中，鄭州商城和偃師商城又是主要研究探尋的對象，因為隻有解決了這兩座都城的年代和性質問題，才能確立夏商文化的分界。
前麵已經介紹，關於二裏頭遺址文化一、二期之間，二、三期之間，三、四期之間，四期與鄭州二裏崗下層之間等，到底哪裏是夏商文化分界的爭論，在1997年11月於河南召開的“夏商周斷代工程夏、商前期考古年代學研討會”上，專家們通過對實物的觀察，普遍趨同二裏頭文化為夏文化。也就是說，二裏頭文化已不存在商文化的問題了。那麽最早的商文化在哪裏？鄭州商城或偃師商城哪一個是夏商劃分的標誌？隨著問題的提出，學者們在將目光集中到鄭州商城和偃師商城這兩座文化遺址的同時，也圍繞上述問題再度展開了激烈的爭論。
偃師商城發掘現場，王學榮（右）向作者介紹發掘情況
偃師商城小城西北角與大城西城牆位置關係平、剖麵圖（引自《河南偃師商城小城發掘簡報》）
就在“工程”開展不久後，為便於14C測年研究，“工程”首席科學家專門安排考古人員對鄭州商城和偃師商城某些區域進行了發掘，並提取了具有典型性的含碳標本。也就在這次發掘中，偃師商城的考古人員在原來大城的基礎上，又發現了一座南北長約1710米、東西寬約740米的小城。小城內外有壕溝、道路、墓葬、水溝、灰坑等遺跡。從所發掘的遺跡、遺物看，小城明顯要早於大城，大城正是在小城的基礎上興建起來的。尤其在小城內宮殿區北部發掘出的一條大灰土溝，其時間跨度幾乎涵蓋偃師商城所有時期，大大有利於對其早期遺存麵貌的認識和對城址性質的正確判定。據此，“工程”專題組成員、偃師商城的發掘者杜金鵬、王學榮等考古學家認為：