腓特烈·威廉的首要任務就是把自己的國家從覆滅的邊緣拯救出來，並且平息戰爭。1641年施瓦岑貝格伯爵的死亡，可能反而讓他免受後來的恥辱。當時，年輕的腓特烈·威廉向波蘭國王俯首稱臣，接受東普魯士的受封儀式——可能他那時候還暗中對天發誓，總有一天要把東普魯士拿到手，而不用等著這個華沙的斯拉夫人送給他。同時他召集了一支軍隊，並巧妙地使了些手段，擺脫了和帝國的盟約，並在1643年至1644年與瑞典簽訂停戰協議。
選擇妻子也成為他外交政策的一部分。奧爾良的安妮·瑪麗，也稱“大郡主”，是位法國的天主教徒；瑞典女王克裏斯蒂娜有著不輸腓特烈·威廉的天賦和領導才能，一心想把柏林和哥尼斯堡收入瑞典囊中。年輕的選帝侯腓特烈·威廉最後在1646年娶了奧蘭治腓特烈·亨利的長女——露易莎·亨裏埃塔，從此鞏固了與一個輝煌的家族以及新教強國的聯係。她生活的痕跡至今留在了奧拉寧堡——她最喜歡的城堡，位於柏林附近。她的繼任者，腓特烈·威廉的第二任妻子，荷爾斯泰因-格呂克斯堡的多蘿西婭也是一樣，至今在多蘿森-斯塔特都還能找到那棵她種下的菩提樹。
戰爭已經逐漸平息。在1648年10月24日的談判中，各方準備簽署著名的《威斯特伐利亞和約》，腓特烈·威廉動用了他所有的談判籌碼，努力達成兩個目標：第一，保留波美拉尼亞的全部領土；第二，為加爾文教徒爭取1555年《奧格斯堡宗教和約》授予新教徒（路德教徒）的政治和宗教權利。他成功達成了第二個目標，因此勃蘭登堡的選帝侯成了新教的領袖，贏得了德意誌新教的領導權。但第一個目標並沒有完成，他隻得到了波美拉尼亞一半的領土，也就是較為貧瘠的東部卡明主教轄區，而西部的什切青被分配給了瑞典人。作為補償，他費盡心力地從帝國奪得了哈爾伯施塔特和明登世俗化的主教轄區，馬格德堡富有的大主教轄區也被歸還給他——腓特烈·威廉在1681年最終奪回了馬格德堡。