關於瑪雅古帝國的衰落和滅亡，各方麵的專家提出了諸多不同的原因——地震；極為劇烈的氣候變化；瘧疾和黃熱病的反複流行；外族征服、內戰。在建築和雕塑方麵經過一段時期的強製生產之後，古瑪雅人的智慧和審美能力枯竭，隨之而來的是相應的社會衰敗、政治衰落和政府解體；最後，由於古瑪雅人的農業體係未能滿足不斷增長的人口需求而導致經濟崩潰。讓我們更仔細地研究每一種說法，然後再在它們之間選擇取信哪一種觀點。
第一個原因地震活動似乎是最不可能的。這一說法基於兩個主要因素：（1）古帝國城市、倒塌的廟宇和宮殿以及被推翻、破碎的紀念碑目前的毀壞狀況；（2）緊靠佩滕以南的危地馬拉高地發生過嚴重地震。但是對於這一說法，可以提出以下反對意見：
盡管危地馬拉和恰帕斯高地經常發生劇烈地震，但佩滕低地與發生強烈地震的高地的主地震帶相距甚遠，而且佩滕土壤腐殖質在1碼(5)深的地方具有鬆散的特征，因此不會經曆高地的強烈地震；當感覺到地震時，那裏的震感會比高地的弱得多。同樣，在古帝國的城市看到的所有毀壞場景中，倒塌的廟宇、宮殿和紀念碑，都可以很容易地解釋為是速生植物導致的，那些熱帶植物的生長不可阻擋，最終會把一切障礙夷為平地。最後，無論是舊世界還是新世界，沒有一個地區因地震活動而被普遍和永久地遺棄。的確，有個別城市由於地震和隨之而來的火山活動而被永久廢棄，例如龐貝和赫庫蘭尼姆，但從來沒有整片地區被遺棄的先例。由於目前我們所看到的茂盛植被就足以造成建築物的破壞和紀念碑的翻倒，因此地震假說應該被排除。
氣候變化導致了古帝國城市的毀滅和廢棄。這一觀點基於這樣的假設：由於西半球的整體氣候帶向南移動，古帝國時期的佩滕低地年降雨量比現在低得多。根據這一假設進一步推斷，佩滕的降雨量較低會使當地生活條件更好，包括減少疾病和過於茂盛的植被，植被較少的土地相對而言更容易讓瑪雅農民適應。後來，在古帝國末期，整體氣候帶可能再次發生變化，這次是朝相反的方向（向北）移動，使佩滕低地的降雨量增加。旱季變得如此短，以至於灌木不能被有效地燃燒，並且使古瑪雅人不得不放棄農業。隨著氣候日益惡化，疾病越來越普遍，直到最後古瑪雅人被迫完全放棄該地區，到別處尋找新的家園。