除了玉米，瑪雅人第二重要的糧食作物是豆類。如前所述，這些豆類通常與玉米種植在同一個洞裏，並在玉米秸稈周圍生長。有小黑豆和紅豆兩個品種，瑪雅人特別喜歡小黑豆。豆子除和玉米一起種植外，也可以單獨種植。在古代，豆類肯定是瑪雅人攝取蛋白質的主要來源，而且直到今天也是如此。
南瓜和葫蘆的品種很多，有時就在後院種植，通常不會在玉米地裏種植。瑪雅人也種植紅薯、西紅柿和木薯。他們種植的其他常見食用植物有好幾種：一種草本藤蔓植物，果實柔嫩，與西葫蘆很相似；葉子煮熟後可以當成蔬菜食用的驅蟲莧；一種根部看起來像蘿卜的豆薯，很甜，可以生吃。還有許多水果：木瓜是尤卡坦半島一種果實很大的野生水果，紅色的果肉比較甜；鱷梨是瑪雅人飲食中豐富而重要的水果；人心果樹的果實非常美味，像牛奶一樣的汁液還能製成口香糖，古瑪雅人用人心果樹的樹幹作為廟宇中的門楣；還有番木瓜、番荔枝、腰果、橘子、香蕉、芭蕉、石榴、番石榴、黑柿子等。
還有一種在尤卡坦半島隨處可見的樹是麵包樹。這種桑科樹在古代城市遺址附近的高地森林裏特別常見，人心果樹也是如此。在古瑪雅人的中心城市附近，麵包樹和人心果樹出現的頻率更高，這有力地證明了古帝國和新帝國的瑪雅人都在他們的定居點附近種植了這兩種樹，就像他們的後裔直到今天還在定居點附近種植麵包樹和人心果樹一樣。麵包樹的葉子是尤卡坦半島牲畜的主要飼料；果實的外皮是甜的，可以食用；種子煮熟後可以當作蔬菜食用，也可以曬幹後磨成粉。這種樹在古代一定是瑪雅人非常重要的食物來源。
用作佐料和調味品的植物有辣椒、香草、多香果、牛至、藜草、芫荽和其他一些藥草的根和葉。