至於朱元璋對知識分子態度的變化，也是經曆了一個複雜的過程。
朱元璋最初對知識分子是非常禮遇的，因為打江山時，知識分子為他出過很多好主意，這使他深深地認識到“知識就是力量”的道理，還專門派出手下，攜帶大量金銀財寶，四處打聽哪兒有讀書人，知識分子瞧不起他這個出身寒微的山大王，他也不以為忤，而是愈加低聲下氣——誰叫我老朱沒文化呢！
建立明朝以後，朱元璋的知識分子政策開始發生變化，由一手變成了兩手。天下未定之際，讀書人不出山他不硬逼。因為逼急了，這些人有可能跑到他的對手那裏去。如今天下已經姓朱，讀書人無處可逃，所以對那些太不給麵子的知識分子，他就再也不客氣了。
比如江西貴溪夏伯啟叔侄不願在新朝當官，還把自己左手的大拇指砍掉，“以示決心”。這可把朱皇帝氣壞了：老子好歹是個皇帝，如此給臉不要臉，就別怪我不客氣了。他讓人把夏伯啟叔侄抓到南京，親自審訊，然後“梟首示眾，全家籍沒”；蘇州人姚潤、王謨，同樣因為“被征不仕”，“皆誅而籍其家”。
這些例子充分說明，對知識分子，朱元璋並非濫殺無辜，他殺的，都是“該殺”之人。想想也是這個道理，正值用人之際，讀書人不為國家、百姓做事，動不動就自命清高，整天瞧不起這個看不上那個，往小了說是不識時務，往大了說就是與國家和人民作對，這樣的知識分子，不要說在中國“普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣”的封建社會，放在任何國家任何社會製度下，也都是不能容忍、不得人心的行為。於是朱元璋發布命令：“率土之濱，莫非王臣。寰中士大夫不為君用，是自外其教者，誅其身而沒其家，不為之過。”這就是所謂的“寰中士大夫不為君用”罪。