公元前350年，商鞅又實行了第二次改革，有了第一次成功變法做基礎，這一次商鞅的動作很大。
秦國當時實行的還是從西周開始盛行的井田製。井田製就是土地劃分為許多方塊，且形似“井”字，田塊之間有寬闊的大路。商鞅為了最大限度地使用土地，就廢除井田製，把這些大路挖開鏟平，也用來種莊稼。再鼓勵開荒，誰開墾的荒地就歸誰所有。這就是所謂的“廢井田、開阡陌(43)”。
另外，為了方便秦王管理，他還建立了縣的組織，由國家直接派人進行管理。
他還在秦國範圍內統一度量衡(44)，這個措施有利於商品的長途交流，對秦國的經濟有很大的促進作用。
商鞅所進行的變法是戰國時期持續時間最長、涉及麵最廣、對社會觸動最大的一次變法。如此大規模的改革，自然會引起激烈的鬥爭。
他所進行的幾項措施對於許多貴族和大臣來說都是不利的，這些人一直都處心積慮地想要反對商鞅，包括太子和太子師傅等。
商鞅是一個執法嚴明的人，他明知道太子不喜歡自己，但是他並沒有向太子妥協。有一次，太子犯了法，商鞅對秦孝公說道：“國家的法令必須上下一律遵守。要是上頭的人不能遵守，那下麵的人就不信任朝廷了。太子犯法，他的師傅應當受罰。”於是，他把太子和太子的師傅都治了罪，太子因為不能受墨刑，所以就處罰了他的師傅，在臉上刺字。其他人見商鞅連太子和太子師傅的麵子都不給，就再也不敢觸犯新法了，使新法得以順利推行。
過了十年，秦國果然越來越富強，周天子派遣使者送祭肉給秦孝公，封他為方伯，中原的各諸侯國紛紛向秦國道賀。商鞅變法為秦國成為戰國中期以後最為強大的國家奠定了堅實的基礎。
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