大明洪武元年（公元1368年）正月，朱元璋登基於應天府（今南京），國號大明，建元洪武，冊封馬氏為皇後。至此，馬皇後正式成為一國之母，其角色也從輔助朱元璋南征北戰轉變為協助其處理國政。要知道，朱元璋繼位後吸取前代“女禍”的經驗教訓，特地命文臣們編撰了《女誡》一書，規定後宮不得幹政，但是這不包括馬皇後，馬皇後仍能向朱元璋提出建議。
不過兩人之間也曾發生過一次小衝突，有一天，馬皇後問朱元璋，老朱你那麽厲害一統天下，現如今也不打仗了，聽說家家戶戶也都分到了田安心種地，不知道老百姓現在過得怎麽樣，能不能吃飽飯了。朱元璋一聽這話，立刻警惕起來，皇後詢問天下百姓過得怎麽樣，這是想要幹政啊，但既然皇後問了，總得有個回答吧，於是朱元璋對馬皇後說，這不是你應該問的問題。馬皇後一聽就知道老朱又敏感了，隨後就開始敲打起了老朱，說道：“陛下天下父，妾辱天下母，子之安否，何可不問！”馬皇後話裏有話，一方麵體現出馬皇後愛民如子，另一方麵則是告訴朱元璋，我知道你心裏在想什麽，你不就是怕我幹政嗎？但本後要提醒你，關心黎民百姓不隻是出於政治上的，更是出於情感道德上的，不僅打消了朱元璋的胡思亂想，也從法理層麵確立了她對政事有限的幹預所具備的合法性。
馬皇後的愛民如子不僅僅隻是嘴上說說，也體現在實際行動上，每當百姓遇到災年，馬皇後就率領後宮吃粗茶淡飯，節省開支（朱元璋時代的公務員真不容易），並為百姓祈福，盡管這種行為對緩解災荒沒多大用處，但首先作為帝製時代的皇後，她這樣做已經是盡最大努力了，其次，她營造的同甘共苦的輿論氛圍最大程度降低了百姓因為吃不飽飯而可能對統治者產生的不滿情緒。朱元璋是一個疼老婆的男人，看到馬皇後都不吃飯了，特別心疼，他開導馬皇後的方法也很有趣，竟然是對馬皇後說已經派人前去賑災了，皇後不必如此苦著自己，馬皇後手眼通天，還不知道朱元璋的伎倆嘛，但是夫妻相互關愛真的很有愛。