第二次北征失敗後，明朝改變了作戰戰略，由主動進攻改為積極防禦，但防禦不代表被動挨打。朱元璋通過這次戰役認識到，要想一鼓作氣滅掉北元暫時是不可能的，於是朱元璋又回到了慣用的迂回戰略上。自從元昭宗打贏了這一仗後著實有點飄了，接連整合雲南、遼東各方勢力，定下了“三年訓練，五年反攻”的計劃，以求打回中原去過年，將元順帝重新迎進大都太廟。基於此朱元璋認識到必須要切斷北元與各方勢力的聯係，各個擊破，才能取得最終勝利。北元軍隊為什麽不斷南下，道理很簡單，草原物資少，不到明朝邊界搶點東西根本養不活那麽多人，別看元昭宗整天叫囂要反攻中原，但在明軍嚴密防守下平時能搶點東西就謝天謝地了。於是朱元璋采取了第一步，堅壁清野，將邊地地區的居民內遷，沒人了看蒙古騎兵還能搶到啥。
但邊民都內遷以後，出現了新問題，邊地地區的土地就這麽白白浪費了嗎，於是乎朱元璋走出第二步，在邊地地區強化衛所製度，並讓衛所的兵士在當地屯田，平時種地，有戰事的時候就出戰，寓兵於農、兵農合一，所以後來朱元璋得意地說自己養兵百萬不費百姓一粒米。穩固邊地以後，朱元璋又開始軍事、政治、外交等手段並用，意圖瓦解北元政府。洪武十三年（公元1380年）二月、洪武十四年（公元1381年）正月、洪武二十年（公元1387年）正月，朱元璋先後組織第三、第四、第五次北征，不過這幾次作戰不再是直撲北元中央政府，轉而蠶食北元軍事要地，招降北元軍政大員，不斷消耗北元有生力量。特別是第五次北征，盤踞在遼東近二十年的北元重臣納哈出在明朝的恩威並施下出降，北元一下子損失了二十萬大軍，加上此前洪武十五年（公元1382年）明朝已經平定雲南，北元朝廷左膀右臂被切斷，使得形勢發生了巨大變化。