以農業生產的經濟效益為主要載體的農業生產力是社會進步發展的基石，關係著百姓的生產生活，也影響著國家和民族的興衰成敗。在早期社會，國家並未設立專門的農業機構，政府分工也比較模糊，農業管理職能被分散在各個不同的部門中。雖然“普天之下莫非王土，率土之濱莫非王臣”，可古代社會的帝王也不能事必躬親地管理農業，也會指派機構和人員具體負責實施，就這樣專門的農業管理部門逐級發展起來。
我國古代社會的農業管理相關部門設置由來已久，秦漢時期農業管理機構就已經日趨完善。隋、唐時設立的三省六部，其中尚書省下設戶部管理農業。時間到了宋朝真宗年間，真宗特別設置了勸農使，說白了這個官職就是鼓勵和督促農民從事農業生產，並且把勸農作為考核官吏政績的標準。到了元朝時期，雖然元朝是馬背上的民族建立的政權，但他們在農政的機構設置並不單薄，甚至相較宋朝更加完善。先是設置了大司農，這個職位其實就是宋朝時的勸農使；後來又設置勸農司、司農司。元朝的大司農司不僅負責勸農的工作，還掌管了農桑、水利、學校、救荒方麵的事權。在這個時期，地方上與農桑有關的事宜均需申報大司農司。
明朝的農業製度上承襲了宋元時期的重農思想，為了盡快從元末的戰爭中恢複元氣，明朝的政府在農業管理方麵做出了極大的努力。明朝設置戶部負責農業事務的管理，由於中國幅員遼闊，所以明朝將全國分成浙江、江西、湖廣、山西等十三清吏司，這十三清吏司除了掌管核實本省錢糧之外，還兼管其他衙門的部分政務。另外戶部下設不同職能的民科、度支、金科、倉科分別管理地理圖誌、夏稅秋糧、市舶漁鹽、漕運軍儲等經費物資。
在明朝的各部門職能分布中，工部其實也負責一部分和農業相關的管理。工部尚書掌管水利工程兼領航運政務，工部侍郎則輔佐尚書處理相關工作。中央政府在工部下屬設立了總部、屯部、虞部、水部四個部門。總部掌管工部日常庶務與營房建設相關的政務；屯部顧名思義掌管天下田地的開墾；虞部掌管全國山川水澤之利；水部掌管全國水利，後來朱元璋又將這四部改為了四吏司。