馬皇後是歸德府宿州（今安徽宿州）人，跟朱元璋算是老鄉，史書記載她的父親叫馬公，這個馬公就跟劉邦的父親叫劉太公一樣，是個尊稱，用今天的話翻譯過來，就是馬老頭或者老馬頭，是不是聽著很親切，馬皇後的母親則叫鄭媼，和馬皇後的父親一樣，隻知姓而不知道名字，鄭媼就是鄭老太太。馬皇後父母的名字都不見記載，其實跟當時元末混亂的情況有很大關係，檔案的丟失，馬皇後又自幼離開父母，自然就沒人記得這二位了，不過馬公、鄭媼這種稱呼說明馬皇後的父母在當地也是有一定地位的，事實上馬皇後她們家是當地的地主，算是有錢人家，否則如果按照元朝的傳統，馬皇後一家會被怎麽稱呼呢？
雖然有錢，但是馬皇後的童年是有遺憾的，她的母親很早就去世了，她從小就是由父親撫養長大的，馬家有錢，馬公是當地有名的“散財童子”，人緣也比較好，加上馬公隻有馬皇後一個孩子，自然將她視為掌上明珠，所以馬皇後的童年還是挺不錯的，至少比朱元璋同學的童年不知道高到哪裏去了。不過馬公這個人好像沒什麽經營頭腦，賺錢的速度比不上花錢的速度，家裏又不是有金山銀山，因此馬家就跟《紅樓夢》裏麵的賈府一樣開始家道中落，但俗話說得好“瘦死的駱駝比馬大”，雖然馬家開始家道中落，但是仍屬於地主富豪之列，馬皇後一家生活得還是很滋潤的。按照這個形勢繼續發展下去的話，馬皇後大概就是在自己家裏好好長大成人，最後嫁到一個門當戶對的家庭，然後相夫教子度過自己的一生，那她也就沒有皇後的命了。然而人算不如天算，馬皇後十幾歲的時候，馬公不知因為什麽原因竟然殺了人，在元朝末期，按理說什麽都可以用錢來擺平，即使殺了人這樣的罪，如果隻是花錢那倒沒什麽，反正馬家有錢，但是被害者一家也不是當地的普通人，家族揚言要報複馬公，考慮到元朝地方政府的公信力根本靠不住，因而為了避免仇人的報複，馬公決定遠走他鄉。但此去一路凶險，如果帶著女兒一起逃亡，恐怕弄不好會被團滅，為了女兒的安全，馬公在逃亡之前將馬皇後托付給了自己生死之交的好兄弟。不得不說馬公的這一做法還是很有先見之明的，因為逃亡之後沒多久馬公就客死他鄉了，如果當時帶著女兒一塊走，後續會怎麽樣還真不好說。