洪武年間明太祖朱元璋為了消除北元殘餘勢力，曾組織八次大規模北征，史稱“明太祖八次北征”，戰役斷斷續續持續二十多年，徹底將北元及其殘餘勢力打殘，曾經草原的霸主們，被打得聽到明朝騎兵的馬叫就落荒而逃，北元從前朝正統被削成了草台班子，再也對明朝的正統地位不構成威脅了。到了洪武末年，蒙古已經降級成了明朝的邊患，甚至東北地區的蒙古兀良哈部還被明朝招降，成了明朝的雇傭兵、職業打手，朱元璋還為其改了個名字叫“朵顏三衛”，平時朵顏三衛的重要職責就是跟不服管的其他蒙古人開戰，算是大明王朝版的“以夷製夷”了吧。然而這種本來良好的邊疆模式到了建文帝繼位後卻發生了變化，走向徹底崩壞。
朱元璋末年在明朝的北境建立了一整套的防禦體係，以抵禦塞外遊牧民族的侵擾，由於朱元璋不太相信異姓大臣，想來想去還是自己的兒子們可靠，因而分封藩王守邊成為朱元璋北邊防禦體係中最重要的一環，然而朱元璋的心腹恰恰成了建文帝的心腹大患。建文帝要削藩，邊境諸王自然是主要開刀對象，但如果諸王都被幹掉，邊地由誰來防守，一旦邊地陷入真空狀態，那這樣一來朝廷對蒙古諸部的壓製力度自然會下降，但顯然急著削藩的建文帝並沒有過多考慮這個問題。事實上不要說武力壓製建文帝沒有考慮過，就連懷柔政策建文帝都沒有過多操作，從史書來看朱允炆在位四年並沒有與蒙古部落有何交流，而對蒙古人來說中原王朝的內戰真是天大的好消息。
靖難之役期間蒙古趁機做大，首先是鎮守北平（今北京）的燕王朱棣舉兵造反，朱棣本來是朝廷安排在北部抵禦蒙古的重要藩王，他在戍邊期間曾多次出塞，打得蒙古諸部抱頭鼠竄，草原的牛羊看到燕王的旗幟都被嚇得跑路，有他在北平那一片甚是安全，但是現在朱棣起兵了，建文帝的朝廷在南方，所以朱棣也得往南方打，主力部隊自然也都帶走了，霎時間蒙古諸部的壓力頓時減輕，壓在頭上的一座大山自己長腿跑了。