消息傳到中央，萬曆竟然一改凡事不管的態度，對打這一仗十分重視，聖意堅決，萬曆要舉全國之力盡快平了這撮反動武裝。
最初領導鎮壓叛亂的是三邊總督魏學曾，但這人在平叛之初表現並不突出，領導下的明軍正如哱拜當初所見，渙散無能，哱拜一方蠻悍的叛亂隊伍壓根沒把魏大人的平叛力量放在眼裏，一時間哱拜軍勢如破竹，連下中衛、廣武、玉泉等鎮，勢力越發強大。萬曆一看大西北打半天了，這打得什麽破玩意兒啊，再照這個情形打下去，我屁股下麵的龍椅就要換成牢底了。
屁股下麵發涼的萬曆趕緊重新調兵遣將，四月，調原總兵李成梁之子李如鬆出任寧夏總兵，浙江道禦史梅國楨為監軍，調集遼東、大同、浙、苗等多路隊伍，平叛隊伍重振士氣，認真作戰。與此同時，那個一直師出無功的總督魏學曾則帶著一支實在庸碌的軍隊久攻寧夏不成，絕望之際，他竟想到了“和平招安”的餿主意。正不遺餘力注視戰況、希望一舉大振國威的萬曆聽到魏學曾的戰報猶如五雷轟頂，差一點氣炸了肺，不久就把這不爭氣的家夥調了回來，直接扔進了牢房——讓朕冒著坐牢底的風險陪著你在寧夏不幹正事，那不如你先來嚐嚐牢底的滋味吧。
魏學曾下課，原甘肅巡撫葉夢熊接替重任，葉夢熊可是個狠角色，平生打仗最愛的方式就是大炮轟之，想他當年攻打靈州的時候，便是直接靠大炮猛攻，一時間讓明軍軍威大振，名揚西北。這次正是葉夢熊接了魏學曾留下的爛攤子。葉大人上任並沒有立刻急著找大炮，他首先是認真觀察了一下，認為之前的失敗之所以會發生，軍紀不嚴是最首要的問題，紀律渙散，軍心不齊，還有就是軍餉供應依然不能保證，經驗豐富的葉大人深知，行軍打仗最重要的就是後勤補給，給將士們吃飽穿暖，才有足夠的人願意替你打仗。哱拜本就是因為這個反了的，我軍要是再不吸取教訓，士兵再被逼得向敵方倒戈，那就完蛋了。萬曆這時候倒是表現出了相當大的果斷和支持，聖旨予葉夢熊“尚方劍”，準違令者就地問斬，並且親督軍餉，犒賞將士。同時，兵部尚書石星為前線獻計一條，這條計策其實前麵那個倒黴的魏學曾就想到過，一直準備付諸實踐：因為哱拜所占的寧夏城地勢較低，而附近又有黃河流經，如果可以引水而過，放水淹城，應該效果會不錯。萬曆就捎話給葉夢熊，要是敵人太凶殘，那我們就不承諾放棄“水淹七軍”的策略。