張居正這場改革最有建設性的地方在經濟領域的改革。彼時的明王朝財政方麵出了很大問題，萬曆爺爺和萬曆爹在位的時候，北方少數民族侵擾不斷，餉銀年年爆表，然而收上來的實物稅（以麥和米為主）卻一年不如一年，比起老祖朱元璋那會兒，竟是減少了四分之一不止，老朱家的國庫常常入不敷出，一國之君總為錢的事情愁得皺眉頭，稍有不備這朝廷就有可能得吃散夥飯。那到底是什麽讓賦稅減少得這麽厲害呢？答案就是“土地兼並”。朱元璋統治時期，為了保證國家稅收、掌握全國農業水平，就曾在全國大舉丈量土地，還繪製了大名鼎鼎的“魚鱗圖冊”作為稅收標準，然而隨著時間推移，民間土地買賣轉手極為頻繁，許多大地主通過兼並早已獲得了比朝廷記錄上多幾倍的土地，可交稅的時候卻隱瞞不報，到了萬曆上台的時候，已經不知道有多少在稅冊上“隱身”的土地了，如果仿效朱元璋在全國重新丈量土地，讓這些隱身地暴露在賦稅的陽光下，一定能大大緩解國庫捉襟見肘的壓力。
不過，身為老狐狸的張居正很清楚如此舉措會引來多大的反對之聲，曆代先皇何嚐不知清丈土地能創收，隻是駭於廣大靠兼並偷稅漏稅的地主豪強勢力，始終未能成功。可挑戰性也是動力，一旦真的做到了，那定是剔除宿弊的壯舉。為了減少阻力，避免一刀切，張居正選擇了如今最流行的“試點法”，先在遠離京城的福建試點，遇到刺頭集中力量精準打擊，然後吸取經驗總結教訓，逐步推行到全國，清丈工作終於如火如荼地展開了。這一清就是三年，三年之後，正是萬曆十一年（公元1583年）丈量工作到達尾聲，新的“魚鱗圖冊”如實編製出來，若有豪強違抗、官員庇護的情況一律嚴懲，這一番大動作，讓全國查出來一百八十多萬畝隱身土地，大大增加了國家的財政收入，也讓普通的小農減輕了不少負擔。不過，因清丈土地而不得不補齊稅賦的大地主們卻是叫苦連天，對張居正恨之入骨，隻等著有個機會能讓他翻倒下台，回歸從前逍遙富足的好日子。