講實證的學術，分科繁而派別少，尚玄思的學術則相反。國學以古書為對象，文字艱深古奧，又不免有遺漏和錯誤，後世的人無法去找古代的原作者來質疑，就隻好憑自己的意思來解釋，因解釋的不同，派別便產生了。以前說的“義理”“考據”“詞章”三種學術，雖然是三個部門，但同時也是三個派別。因為學者所采取的道路不同，對於同一古書的解釋亦會得到相異的結果，所以曾國藩說他們“各執一途，互相詆毀”。
在考據學全盛的清代中期，所謂桐城派詞章之學也抬頭起來。桐城派文人以“載道之文”相標榜而譏誚考據學的支離破碎，無補於聖道。考據學者則譏誚桐城派文章沒有內容，根本無所謂“道”。考據學者批評義理之學的空疏，可是義理學派也譏誚他們的破碎支離。這幾派之中，考據派在學術界雖然稱霸，但清政府所獎勵的卻以義理之學為主。
義理學派即所謂宋明道學，因其解釋經書遇著難解之處，不去找許多古書參證，考查原來的意義，隻是“望文生義”，照字麵去講，所以人們說它空疏。其實這個學派不是完全不查考古字的意義，不是完全不注意古書的遺漏錯誤，我們一看《四書》的朱注便知。這個學派的特點，是在於借孔孟的話來宣傳自己的學說，朱熹（晦庵）的《四書注》，就是宣傳他的理氣二元論。陸九淵（象山）更公然說“六經皆我注腳”。的確，他們表麵上是注解經書，實際上是拿經書注解自己。可是朱熹還不敢公然這樣講，他的意思隻是說，按照人情物理，孔孟的這些話應當這樣解才對。朱氏是主張“格物致知”的，這就是從研究人情物理去了解孔孟之道。因為這一點，使朱陸又分成兩派。朱氏的學術，淵源於程頤（伊川），所以這派叫程朱派。陸象山之學，到明代王守仁（陽明）而有徹底的發展，所以這派叫陸王派。程朱之學，講求窮理盡性，稱為“理學”。陸王也講理，但程朱的理有客觀性，而陸王的理是純主觀的，陸氏說“心即理”，所以人們為與程朱的理學分別起見，又叫陸王之學為“心學”。