自漢至清，支配我國思想界的主流為魏晉的玄學、隋唐的佛學、宋明的理學，兩漢經學在這一期間等於中斷，這時期中可注意的幾點是：（一）今文經學的首先衰落；（二）南北學的分化；（三）隋唐義疏之學的興起；（四）宋明理學的影響。自漢魏間鄭玄、王肅混淆今古文家法，而實際左袒古文經學，加以晉永嘉之亂，今文經傳大部分亡失，今文經學就從此衰落下去，而古文經學則相對地日漸開展。在魏晉玄學清談的空氣中，王弼注《易經》，何晏注《論語》，雖不免受道家思想的影響，大體仍以漢學為根據。南北朝時，南北經學的傾向頗有不同。最顯著的分歧點，就是南方尊重鄭玄的《易》注、杜預的《左傳》注，北方尊重王弼的《易》注、服虔的《左傳》注。南北朝至隋唐間，所謂義疏之學產生，義疏者就漢儒經注再加以疏釋之謂，就是注解的注解。兩者合而言之，叫注疏，分而言之，“注”一類的東西，有傳、記、箋、注、詁訓、解詁、章句、章指、集解等；“疏”一類的東西，有義疏和正義。它們的體例是：注不破經，經不破注，注或迂曲，疏必繁稱博引以說明之，但後來清人有些疏也糾正注的錯誤。義疏之學盛於唐，唐初孔穎達、賈公彥作五經注疏，為當時政府規定的經學標準。唐以科舉取士，違反孔、賈義疏的就不予取錄。孔氏所采經注以南學為主，將北學合並到南學裏麵，於是王弼、服虔之學散失，而唐之義疏風行於世。
宋儒講經，不重視古注，各自發明義理，因研究方法的不同，終於形成了三派：一派以程頤、朱熹為代表，采用歸納法；一派以陸九淵、楊簡（慈湖）為代表，純粹用演繹法；一派為批評派，以葉適（水心）、陳傅良（止齋）為代表，號稱浙學，此派不空談性理，而注重事功，再分為金華派（出於呂東萊）、永嘉派（出於陳傅良）、永康派（出於陳同甫）。宋儒理學雖係根據經書立說，實係自有體係，另詳理學一章。元明兩朝，因朱熹之學為朝廷提倡，取得正統地位，陸象山之學得王陽明繼續闡揚，也為當時學者所信仰，他們兩派都是借經學講理學，本不以經典為主，降至末流，便將經學書擱置不讀，專門空談，所以經學因而衰落。清代儒生，因矯時弊而反對理學，提倡樸學，學術風氣為之大變。