明清兩朝的製度，大體相沿。其中關係最大的，在內為宰相的廢罷，在外為省製的形成。明初本亦設中書省，以為相職。後因胡唯庸謀反，太祖遂廢其官，並諭後世子孫，不得議設宰相。臣下有請設宰相的，處以極刑。於是由天子親領六部。此非嗣世之主所能，其權遂漸入殿閣學士之手。清世宗時，又設立軍機處。機要之事，均由軍機處徑行，事後才下內閣，內閣就漸漸地疏闊了。
六部：曆代皆以尚書為主，侍郎為副。清代尚、侍皆滿漢並置。吏、戶、兵三部，又有管部大臣，以至權責不一。明廢宰相後，政務本由六部直接處理。後雖見壓於內閣，究竟權力還在。吏、兵二部，尤真有用人及指揮軍事之權，清朝則內官五品，外官道府以上，全由內閣主持。籌邊之權，全在軍機。又明朝六部用人，多取少年新進，清朝則一循資格，內官遷轉極難，非六七十不得至尚侍。管部又係兼差，不能負責。於是事事照例敷衍，行政全無生氣了。
禦史一官，至明代而其權益重，改名為都察院。都禦史、副都禦史、僉都禦史均分置左右。又有分道的監察禦史。在外則巡按清軍、提督學校、巡漕、巡鹽等事，一以委之，而巡按禦史代天子巡狩，其權尤重。這即是漢朝刺史之職。既有巡按，本可不必再行遣使。即或有特別事務，非遣使不可，亦以少為佳。然後來所謂巡撫者，愈遣而愈頻繁。因其與巡按禦史不相統屬，權限不免衝突，乃派都禦史為之。其兼軍務的加提督銜，轄多事重的，則稱總督。
清代總督均兼兵部尚書，右都禦史，巡撫均兼兵部侍郎，右副都禦史，又均有提督軍務，兼理糧餉之銜，成為常設的官了。給事中一官，前代都隸門下省。明廢門下省，而仍存給事中，獨立為一官，分吏、戶、禮、兵、刑、工六科，以司審查封駁。其所駁正，謂之“科參”，在明代是很有權威的，清世宗將給事中隸屬於都察院，就將審查和糾察，混為一談了。