第二個特點是，萬曆及孝靖後的一些牙齒上都有楔狀缺損，這是由於刷牙方法不合理所致。可見當時宮廷裏使用牙刷已相當普遍。
第三個特點是萬曆的氟牙症。中國最早的氟牙症化石實物是1978年5月在山西和河北交界處的許家窯村發現的。這是屬於舊石器時代中期的三個人的牙化石，上麵都有明顯的黃褐色小窩及斑點。據了解，今天生活在那裏的人，仍然都患有氟牙症。許家窯村
人的氟牙症和萬曆帝的氟牙症極為相似。這在我國古代口腔疾病史
上是一項重要發現，淵源有待進一步查證。
北京市公安局刑事科學技術研究所對萬曆和孝靖皇後殘存的頭發進行了鑒定，結論如下：
萬曆一束為生前梳理時的脫發，一束為屍體上所留。孝靖一束亦為屍體所留。
萬曆帝頭發血型為AB型。
孝靖後頭發血型為B型。
注：孝端後殘存頭發，同屍骨一起毀於“**”，無從查證。
經中科院古脊椎動物與古人類研究所研究人員對萬曆屍骨的複原得出結論：
萬曆生前，體形上部為駝背。從骨骼測定，頭頂到左腳長1.64米。
幽深的地宮，陰霧淒淒，雖然已到炎熱的夏季，但發掘人員還必須身穿厚厚的絨衣甚至棉衣才能抵禦襲人的寒氣。黴爛的腐臭和刺鼻的福爾馬林味融合在一起嗆進人們的肺管，使大家經常咳嗽不止。
在清理隨葬品中皇帝的冠冕、皮弁等物時，由於串珠的絲繩黴爛，玉珠已經散落，零亂地攤放在梓宮一角，且實物腐朽疊壓嚴重，形製很難辨認。冕、弁關係到禮儀製度，世間沒有實物存留，目睹這種情形，夏鼐親自承擔了清理任務。他拖著病體爬上了木架，把一個枕頭墊在胸部，趴在木板上，整整用了四天四夜的時間，把冕冠和皮弁的形式、結構、尺寸、色澤以及串珠的係結式樣、數目，一一記錄下來，並繪製了草圖，為日後的複製工作提供了重要依據。