隨著國內外形勢的嚴重化，在幕府和薩摩、土佐等藩大名及上層武士中，出現了調和朝廷與幕府間關係的幕藩改良主義——“公武合體”運動，它與尊王攘夷運動相對抗。
幕府保守派企圖借迎娶孝明天皇的妹妹和宮作將軍德川家茂（慶福）的夫人，以實現“公武結合”，爭取天皇的權威來加強幕府地位。公卿中的公武合體派岩倉具視於1861年10月20日陪同和宮到江戶，積極促成其事。薩摩藩主的父親島津久光，是個強烈的攘夷主義者，各藩誌士曾寄望於他，要推舉他為首反幕。但島津久光從國內最富強的封建大名利益出發，認為尊攘派的活動是“浪人輕率之舉”[306]，對他們打破幕藩封建秩序的行動極為不滿，堅決致力於“公武合體”，企圖通過改良達到攘夷和改進幕藩關係以維護封建統治的目的。1862年3月，島津久光帶領藩士千餘人到達京都。他首先在4月23日晚派家臣刺殺正在京都郊外伏見“寺田屋”旅館開會的薩摩藩尊攘派領導人有馬新七等七人，以鎮壓尊攘派活動（“寺田屋之變”）。然後又帶著天皇改革幕政的指示，與皇室公卿一起去江戶，督促幕府吸收強藩參與幕政，實行幕政改革。當尊攘運動日趨高漲時，公武合體派企圖聚集皇室、幕府和各藩大名及上級武士的力量，維護搖搖欲墜的幕藩體製，以便由他們分享最高權力。
尊攘派向公武合體派展開了鬥爭。在長州藩，尊攘派領導人久阪玄瑞等把公武合體派上級武士逐出藩政府。1862年7月召開的藩政會議上，使藩政府方針由“事朝廷以忠節，事幕府以信義，事祖先以孝道”的公武合體宗旨改變為“奉敕攘夷”。長州藩遂成為尊攘派的基地。[307]
尊攘派對付公武合體派的戰術是攘夷。1860年12月5日，尊攘派浪人在三田刺殺了美國使館翻譯休斯根（H.Heusken）。1862年12月12日，長州藩的久阪玄瑞、高杉晉作等人燒毀了江戶的英國公使館。各地也陸續發生殺傷外人事件。這些攘夷事件的目的是使屈服於外國的幕府陷於困境。尊攘派還用恐怖手段打擊公武合體派。1862年1月15日，宇都宮藩士菊池教中等人，在江戶阪下門外襲擊了首席老中安藤信正，使他負傷後被迫辭職，史稱“阪下門之變”。[308]7月，尊攘誌士刺殺了公武合體派公卿的家臣島田左近及參與安政大獄的人物，又揚言將謀殺朝廷公武合體派首腦岩倉具視等人，迫使天皇罷免岩倉，任用激進的下級公卿三條實美等。8月，島津久光在江戶促成了幕政改革，[309]回到京都，當地形勢大變，政權已由尊攘派左右，他不得不悄悄地返回本藩。