孫中山和日本人的接觸是多種多樣的。他不僅與政界、軍界、財界和大陸浪人接觸，而且和日本的知識分子也有來往。
孫中山結識的日本知識分子中，有一位叫南方熊楠。南方熊楠（1867—1941），和歌山人。他是世界上有名的大生物學者。17歲入東京大學預備校，1886年渡美上大學。他是一位黏菌專家，提出有關黏菌的報告150餘篇。同時又博學多才，除生物學外，還研究民俗、考古、天文，會英、法、德、俄、意、漢等多種語言。他撰寫的《遠東的星座》一文，1893年在英國獲得倫敦學會的一等獎，一舉成名。
孫中山於1897年3月16日，在英國的大英博物館東方圖書部主任道格拉斯的辦公室初次見到南方熊楠。[10]而南方熊楠早在1896年11月9日，通過孫中山被囚禁於清駐英使館之事，便聞知孫中山的大名。[11]
據南方在倫敦時的日記，孫中山與南方會晤二十四次。兩人不是在大英博物館，就是在南方住所會晤，或者一道去參觀，或者遊園，或者一起去餐館用餐，關係密切。南方同情孫中山的革命事業，對孫熱心相助，在孫中山即將離開倫敦經加拿大赴日本時，設法協助孫中山。6月29日，南方偕孫訪鐮田榮吉，請鐮田把孫介紹給日本的岡本柳之助。鐮田寫道：“持有此信的中國人孫逸仙去東京，請接洽。”[12]同一天晚上，又訪田島擔，請他把孫介紹給日本的菊地謙讓。翌日，又把將孫介紹給佐藤寅次郎的信交給了孫。南方的這種熱情協助，無疑是孫中山赴日，把日本作為革命活動基地的一個因素。
孫中山對南方的同情、協助頗為感激，離倫敦前夕，即6月27日，揮筆寫下“海外逢知音南方學長屬書香山孫文抒言”一詞，贈送給南方，表達他對南方的謝意。[13]
孫中山與南方熊楠的此種友誼，是有思想基礎的。南方在美國大學中途退學，作為馬戲團的職員周遊中美、南美、墨西哥、西印度群島、古巴等地，還在古巴當過革命軍的士兵。這種經曆對南方的思想是有影響的。1897年孫中山初次見南方時問他：“一生之所期為何？”南方答：“願我東方人一舉將西洋人悉逐於國境外。”[14]南方是民族自尊心很強的人，對西洋人入侵東方，深覺厭惡。1897年11月，德國以教案為借口侵入山東。南方認為：“有德國人占領膠州灣之事，東亞民族為之氣焰不昂。”[15]其時大英博物館裏有人輕侮南方，南方一怒之下，在500餘名讀者麵前痛毆其人。這表明，南方有東洋人的正義感，性情剛直豪邁。