平壤之役是日軍從勝轉敗的轉折點。豐臣秀吉發動的這場不義之戰在國內軍內也不得人心。葡萄牙傳教士路易·福洛易斯（Luis Frois， 1532—1597）在談到他在北九州耳聞目睹的情況時曾說：人們非常厭惡征集壯丁，認為那無異於去送死。婦女們在抽泣。因為她們預感到要被迫守寡。不安和歎息充滿全國。一種預言也傳開了，說秀吉的征服事業必將失敗，日本國內必將掀起叛亂。[18]反對戰爭的不止北九州居民，在古都奈良，興福寺多聞院僧人英俊獲悉戰爭動員已經開始後，便預計這次戰爭不會有好結果。當侵略軍正在**朝鮮國土時，他在日記中表示對朝鮮人民“無限同情”。農民拒納軍糧，反對侵略戰爭。關東常陸（茨城縣）農民拒納軍糧，使正欲渡海的該國大名佐竹義宣軍隊處於“奄奄待斃”狀態。在軍內，官兵、民夫大量逃亡和嘩變。一份資料記載，鍋島部隊從前線逃回的有57名，這些都是主力戰鬥部隊的官兵，“搬運伕並未計算在內”。當時兵士逃亡如此嚴重，以致豐臣秀吉不得不命令在各地設立緝捕逃亡者的崗哨（“人番留所”）。侵略戰爭發動不到3個月，集結在肥前平戶的島津部隊中，以梅北國兼為首700名官兵拒絕渡海作戰並舉行嘩變。[19]
平壤戰敗後，日軍厭戰反戰情緒彌漫。留在名護屋本營的羽前大名最上光義在寫給家裏的信中講道：“日本人早就想逃出京城，都這樣想：當和尚也好，隻要能留下一條命。我也在盼望，能在活著的時候重新踏上故國芳香的土地，哪怕喝上一杯家鄉水也好。”[20]當時日軍士氣既如此，又加以兵員傷亡過半（京城內外隻剩53000人）[21]，糧秣奇缺，癘疫流行，日軍統帥部自知京城難保，4月18日撤出京城南遁，龜縮到東南沿海一帶。明軍入城並分路追擊，收複漢江以南千餘裏，朝鮮國土絕大部分遂告光複。