幕府的政治機構最初沿襲德川家康在三河（今愛知縣東部）地方時一個小領主衙署的規模，體製簡單。二代將軍德川秀忠時起，隨著生產與統一事業的進展，任用儒官林羅山，整頓幕府官製。將軍下設“大老”“老中”“若年寄”等職。“大老”是特任執政官，非常職，由譜代大名中選任。“老中”或稱“年寄”，是常任執政官，相當於內閣，名額4至6人，按月輪值主持大政，即負責掌管皇室、公卿、大名、寺社和外交事務，由譜代大名選任。“若年寄”和老中共參幕政，分掌旗本、禦家人及江戶市政，名額5至6人，也由譜代大名選任。老中下設三“奉行”，即“寺社奉行”“江戶町奉行”“勘定奉行”。“寺社奉行”四人，掌管寺院神社及寺社領地的行政、司法，處理關東8國以外幕領的訴訟。“江戶町奉行”2人，分掌江戶南北兩區的行政、司法。“勘定奉行”4至5人，管轄幕領內郡代和代官及一般行政、財政。三奉行分別由譜代大名及旗本選任。以上各高官都輪流執政，重要事件協商處理，以防一部分人篡奪中央權力。
監察（特務）機關有老中下屬的“大目付”（監視大名及幕府高官），若年寄所屬的“目付”（監視旗本以下幕府官吏武士，兼管江戶城內警政的官職）等。超越兩奉行以上職權的重大案件由老中、三奉行、大目付等組成的“評定所”（幕府的最高司法機關）協議審處。
京都及幕領各地方的行政，由幕府任命。其中以“京都所司代”權職最重，他擔任幕府對皇室、公卿及西部各藩大名的監督和當地的司法、行政。二條城（將軍在京都的行營）、駿府（靜岡）及大阪三要地各設城代，任軍事警衛，大名城主外出則代行政務。京都、大阪兩地還設置“町奉行"（相當市長）。其他幕府直轄要地設置“奉行”或“郡代”、“代官”等，處理行政及司法。