德川家康的對外政策，基本上沿襲豐臣時代禁教與貿易平衡的方針。但家康要發展經濟，為招徠西方商人和航海、造船及開采銀礦的技術家，不依靠教士是困難的，所以禁教不但不徹底，而且他自己就在鼓勵傳教。文祿四年（1599）家康還在伏見城代行政務時，就委托被俘的西班牙教士耶羅尼摩（Jeronimde Jesus）進行同呂宋（當時西班牙的殖民地菲律賓）通好，為日本招聘技師，並允許他在江戶建立方濟各會的教堂。由此天主教各宗，向關東方麵發展。慶長十四年（1609）家康還委托西班牙原任呂宋總督羅德利哥（DonRodrigo de Vivero）和京都商人同去新西班牙（Nueva Hispania，當時西班牙的殖民地墨西哥）交涉通商。[99]仙台藩主伊達政宗（1567—1636）更公開宣布傳教自由，慶長十八年（1613）派家臣支倉常長為使節，隨方濟各會教士路易·梭特羅（Luis Sotelho）乘自造大帆船橫渡太平洋及大西洋，經墨西哥、西班牙到羅馬，謁見西班牙王和教皇，要求通商。[100]
在德川家康統治期間，由於對國外商品和技術的需要，使天主教傳教順利。慶長八年（1603）在日傳教士達129名，受洗人數1605年為793名，次年一躍為8000名。據教會的報告，慶長十五年（1610）日本全國天主教徒已達70萬名。[101]