（1）哲學 隨著社會結構的變化，不僅同市民生活直接有關的文藝科技呈現了新氣象，同時在幕府保護下，長期影響著武士和平民的儒家思想，也從內部產生了批判和改造它的動向，出現了幾個朱子學的反對派。
①陽明學 儒者中江藤樹批評朱子的“知先於行”思想流於空洞說理，堅持王陽明的“知行合一”學說。但陽明的“行”隻是指“一念”上的自我修養，受禪宗“頓悟”（指“破除雜念，頓然覺悟”之意）說的影響，和社會實踐毫無共同之處。據說藤樹晚年讀陽明書，“悟”而棄武士籍，從事教育。其弟子熊澤蕃山反對幕府的僭越和參覲交代製的浪費，主張武士移居農村采邑，實行農兵製，為尊皇思想做了準備。因而觸怒幕府及藩主，被幽禁於古河，數十年而無憂色。
陽明學派以主觀唯心主義思想鼓勵武士殺身報主，這種愚勇精神本質上是封建反動的。但明治維新前後，他們代表下層武士和平民的利益，同代表封建領主的上層武士進行不屈不撓的鬥爭，產生過積極的作用。如大鹽中齋（即大鹽平八郎）、吉田鬆陰等都是發動起義的陽明學派誌士。
②古學 古學派打著複古漢學的旗幟，提倡實踐的道德，從朱子學裏解放出來。朱子學是代表封建地主階級的正統思想，古學派則是代表中小地主階級的異端思想。這一派的創始人山鹿素行早在1665年就認為朱子學和陽明學都不是孔孟的真精神，提出直接追蹤孔孟經典，恢複先秦儒學本來麵目的主張（《聖教要錄》）。因而他被幕府流放到赤穗藩。另一個創始人京都町人出身的伊藤仁齋也從同樣立場著《論語古義》的注釋書7卷，反對朱子學。朱子學主張有德者能治國，仁齋則認為可以脫離政治來樹立道德，以“人情”講解道德。著名學者荻生徂徠也主張政治和道德分開，以科學態度治學，反對朱子學派的空談性理，堅持學習曆史或“事實”。他看出幕藩體製的危機，但無法認識，隻能根據儒家經典，講求“經世之學”（經國濟世的學問）。在《政談》一書中，他指出改革幕藩政治是匡時救世的要務，但改革必先研究古文辭、闡明古代典章製度，然後通過將軍的“作為”，重建“先王之道”的封建秩序。這種思想方法阻礙了古學派的前進。其弟子太宰春台更關心政治經濟，思想開闊，主張促進商品貨幣經濟，順應了當時的潮流。