被譽為平成（1988——）福爾摩斯，日本警察救世主的高中生偵探工藤新一，在一次和青梅竹馬女朋友毛利蘭的遊樂場約會中，發現了身穿黑衣身份不明神秘男子的非法交易，正當他看得帶勁兒含著手指流著口水盤算著怎麽以最帥的方式出場阻擋罪犯的時候，卻不料螳螂捕蟬黃雀在後，黑衣男子的另一名同夥繞道新一身後，隨手抄了一根木棍子就將其撂倒在地，還喂他喝下了組織最新研製的毒藥，說是無色無味殺人於無形之中的日本無影散。
不過畢竟是漫畫主人公，又挨悶棍又被灌耗子藥的工藤新一到底還是挺了過來，隻不過當他睜開眼睛之後，卻意外發現自己的身體變小了——從一個17歲的高二學生變成了一個6歲的小鬼——萬幸的是，智商沒有退化。
因為父母都在海外生活，身邊也沒一個能說上話的親人，情急之下，新一找到了他父親的摯友，和自己是忘年交的無厘頭發明家阿笠博士，在一番解釋並以屁股上麵有顆痣，黑痣上麵有根毛的絕密博士資料為證據，總算是讓對方相信了眼前這個身高不過三尺的小朋友就是數小時前還威震東京的名偵探。
要說薑還是老的辣，很快，恢複了冷靜的阿笠博士就提出兩點，首先，不能再以工藤新一這個名字出現在人前了，要對所有人都保密；第二，住到你馬子毛利蘭家裏去。
第一點是人都明白：既然人家要殺你，得知你居然命大沒死成，那麽自然會來殺第二次，像你現在這種五短身材，有幾條命都不夠砍的。至於第二點，新一雖說感到暗爽，但依然不明就裏：為啥是他們家？
“蘭的父親毛利小五郎是私家偵探，你若是跟著他的話便又能接觸到各類案件，裏麵說不定就會碰到把你身體變小的黑衣人組織哦。”
就這樣，改名為江戶川柯南的原高中生偵探工藤新一，在阿笠博士的安排下，住進了毛利偵探事務所，順便還給他辦了個學籍，去了附近學校讀小學一年級。