在波譎雲詭的幕末時代，天皇、幕府和武士三者之間的關係呈現出一種相當離奇的狀態，幕府是武士和天皇實際上的飼主，而且在幕府體製存在的數百年間，它一直在竭力阻止二者發生關係。事實上，幕府在這一點上確實非常成功，從藩主手裏領取俸祿的武士很難對處於“隱身”狀態的天皇有什麽實際的效忠之情，他們之間的關係更像歐洲封建領主之間那種“我附庸的附庸不是我的附庸”的狀態，卻又不盡相同，因為幕府並不是天皇的附庸。
因此，當在西方的刺激之下，武士階級突然以天皇的名義反抗幕府時，幕府和天皇雙方都相當驚愕。從平安時代末期就失去控製的武士集團，突然又主動要求回到天皇的手下，這讓天皇自己都有些措手不及。從表麵上看，這是日本國內天皇、幕府和武士三者之間以武力對抗形式進行的利益再分配，實際上卻是日本在西方的影響下，封建國家逐步解體、民族國家重建的過程。
倒幕運動興起的內在原因是武士道中的“尊王攘夷”思想，
外在原因是歐洲新興民族國家特別是普魯士對日本的影響
1890年的日本陸軍和海軍演習。因為舊的藩本位製度，
日本海軍（核心來自舊薩摩藩）和陸軍（核心來自舊長州藩）一直齟齬不斷，直到日本在“二戰”中戰敗
然而，作為武士階級道德準則的武士道所提倡的那種多元分散效忠的主仆道德，和君主立憲的民族國家所提倡的那種一元化的天皇效忠，是有著根本性的矛盾的，這也注定了二者之間的蜜月不可能長久。衝突首先發生在軍隊中，武士作為封建時代的軍事貴族，天然地與國家的軍隊體製不相容，武士出身的士兵無法與庶民出身的士兵和諧相處，也不接受庶民出身的軍官的指揮和領導。盡管明治政府進行了廢藩置縣，但封建時代養成的藩本位製度嚴重地阻礙了軍隊的組織，這一惡果一直延續到“二戰”結束，並導致了日本海軍和陸軍之間一係列的矛盾和衝突。