雖然目標管理有著一定的功效，但是它的缺點也是非常明顯的。管理層在製定政策和實施目標管理的過程中，必須充分認識目標管理的缺點，適時采取適當糾正措施，保證目標管理的成效。
——目標難定
因為目標是為未來而設，而未來又有不確定性，因此人們往往很難設定切實可行的具體目標。顯然，任何計劃都應該包括預計達成工作終點，而不隻是陳列待辦的工作。如何設定達成的目標，在實施目標管理的最初特別困難。人們往往易於設定過高的目標或長遠的目標，但在製定短期工作目標時卻很難。
——目標設定可能增加管理成本
目標設定需要上下溝通、統一思想，這都是很費時間的。在實現目標的過程中，每個單位、每個人都關注自身目標的完成，而忽略了相互協作和組織目標的實現，從而滋長本位主義、臨時觀點，產生急功近利的傾向。因此在許多情況下，目標管理所要求的承諾、自覺、自治氣氛難以形成。
——目標不容易量化
使目標具有可考核性的最佳方法是使之定量化。但是，許多目標是不宜用數量來表示的，硬性地將某些目標數量化和簡單化的做法是危險的，其結果有可能將管理工作引入歧途。因此有些不能定量化的目標可以設定為定性化的目標，通過詳細說明其特征和完成日期的方法來提高其考核的程度。
——獎懲未必都能與目標成果相一致，所以很難保證這種獎懲的公正性
這在某種程度上削弱了目標管理的效果。
——環境的變化，公司外部環境的變化也是導致目標管理困難的一個重要因素
目標管理是一個需要細化的係統工程，它的固有局限性使得人們在實踐中往往容易陷入誤區。目標管理需要相對穩定的外部市場環境，波動較大的環境將使目標管理過程中所付出的種種努力付諸東流。