係統思考是創建學習型組織的核心工作。
係統，本質上是處於一定環境中的、相互發生關係的各組成部分的總體。係統思考的管理觀念是指管理主體自覺地運用係統理論和係統方法，對管理要素、管理組織、管理過程進行係統分析，旨在優化管理的整體功能，從而取得較好的管理效果。
係統動力學是學習型組織係統思考的基礎。係統動力學強調的是相互作用，作為係統動力學研究對象的社會經濟係統本身是千變萬化的，其構成要素包括生產力、人力、物力、財力、技術等方麵，都體現了係統動力學相互作用的本質。
學習型組織係統思考的層次主要有以下三個：
第一，事件層次上的思考。采取反應式的行為，常導致局限思考、專注於個別的事件或歸罪於外部因素等。
第二，行為變化層次的思考。能順應變化中的趨勢，但容易造成學習障礙，如從經驗中學習、學而不做等。
第三，係統結構層次的思考。能改造行為的變化形態，超越了事件層次和行為層次的局限，專注於解釋是什麽造成行為的變化。比如，對於製造和銷售為一體的企業，係統結構層次的觀點必須顯示發出的訂單、出貨、庫存的變動，從中尋找存貨不穩定的解決方案。
係統思考是學習型組織的靈魂。它為組織提供了一個健全的“大腦”，一種完善的思維方式，個人學習、團體學習、檢視心智模式、建立願景，都是因為有了係統思考的存在，從而關聯在一起，成為整個健全大腦不可缺少的部分。因此，係統思考在學習型組織中具有重要的位置。
在係統思考的指導下，個人修煉將會在諸如對環境的認同感、對整體的使命感等幾個方麵有所超越。同時，係統思考對於團隊學習也是至關重要的一環。