統治階級內部矛盾的另一方麵，是一部分舊地主階級的文人對新興皇朝臣屬關係的鬥爭。他們的階級立場很堅定，認為造反的窮苦農民怎能做皇帝，對地主進行統治，因而拒絕和新朝合作。
這些文人對由紅軍發跡的朱皇帝，懷有深刻的憎恨。典型的例子如貴溪儒士夏伯啟叔侄，斬斷手指，立誓不做官，被逮捕到京師。朱元璋問他們：“昔世亂居何處？”回答說：“紅寇亂時，避居於福建、江西兩界間。”朱元璋大怒：“朕知伯啟心懷忿怒，將以為朕取天下非其道也。”特謂伯啟曰：“爾伯啟言紅寇亂時，意有他忿。今去指不為朕用，宜梟令籍沒其家，以絕狂愚夫仿效之風。”特派人把他們押回原籍處死。1蘇州人姚潤、王謨也拒絕做新朝的官，都被處死刑，全家籍沒。2
有的文人怕朱元璋的嚴刑重法，動輒挨打以至殺頭，謝絕新朝的征召，實在推脫不了，勉強到了南京，還是拒絕做官。例如浙江山陰人楊維楨，號鐵崖，詩名擅一時，號鐵崖體。洪武二年（1369）被征，婉辭不去。三年（1370）又被地方官敦促上路，賦《老客婦謠》明誌，大意說快死的老太婆不能再嫁人了，皇帝如不見諒，隻好跳海自殺。朱元璋因他名望很大，不好過分勉強。維楨在南京住了幾個月，便請求回家。宋濂贈詩說：“不受君王五色詔，白衣宣至白衣還。”3江陰王逢自號席帽山人，張士誠據吳，其弟士德用逢計勸士誠北降於元以拒西吳。士誠亡，逢隱居烏涇。洪武十五年（1382）以文學被征，虧得他兒子在朝廷做官，向皇帝磕頭哭求，才放回去。4也有抗拒不了，被迫非做官不可的，如大名秦裕伯避亂居上海，兩次被征不出，最後朱元璋寫了親筆信說：“海濱民好鬥，裕伯智謀之士而居此地，堅守不起，恐有後悔！”情勢嚴重，秦裕伯隻好入朝。5