在萬曆這一朝裏，有一件宮廷中的爭端，後來竟影響了外廷，那就是因儲位問題而引起來的議儲、立儲、廢儲等事的明爭暗鬥。這些事情還導出了明末有名的三案：梃擊案、紅丸案、移宮案。這三案後來竟被人用到門戶之爭中去，作為加罪於人的法寶，直爭到明代已亡還沒有停止，到了南明，偏安於江南一隅時，還有人在爭著拿它來作為爭權奪利的工具。
萬曆的皇後姓王，她是在萬曆六年（1578）被冊立為皇後的。王皇後為人端謹，但卻不為萬曆所愛。她正位中宮達四十餘年，卻一直無出，沒有生過子女。萬曆的長子朱常洛生於萬曆十年（1582），《明史·神宗紀》說他生在九月，而《後妃傳》則說他生在八月。皇長子的生母也姓王，原本是在李太後所住的慈寧宮裏服役的一名宮女。萬曆在去慈寧宮向李太後問安時，和這位宮女偶然發生了關係，並使她懷了孕的。萬曆事後並沒有掛心，到後來竟全忘了，更不知道那個宮女已經懷上了孩子。但是李太後對這件事卻極關心，在看到這個宮女像是已經有孕，便非常高興。她把萬曆召來，並問他將如何安置。但她沒想到，萬曆對他幹過的那件事卻不肯認賬，想把它推掉。李太後無奈，才叫人到敬事房把《起居注》取來，翻出那上麵的記載，拿給萬曆看。原來這敬事房中的《起居注》，是專門用來記載皇帝禦女之事的專冊，不拘是何人，凡經承幸，都要一一照書無誤。萬曆看到了這《起居注》上的記載，隻好承認了。李太後這才告訴萬曆，她早就為著他久婚不育而心焦了，如今王姓宮女有了孩子，是件極大的好事，如果能生下個男孩，不但使她有了早已盼望著的孫子，而且繼承皇位也就有人了。她見萬曆一直默默無語，似乎麵有難色，便又說：“你不要以為她是個宮女就輕視她，如今母以子貴，她比什麽人都不差，往後你可以封她。如果生下了皇子，除了皇後，就得屬她了。”萬曆被逼無奈，隻好先將王姓宮女封為才人，後來她生下了皇子，才又把她晉封為恭妃。