李贄的離經叛道之舉觸怒了許多人，他大罵的孔夫子、朱熹、周敦頤這些人，都被當時的讀書人奉為至聖先師，更何況李贄公然宣揚那些與朝廷法度背道而馳的言論，早惹怒了朝野上下。
正統思想的衛道士東林黨人最先發難，指責他有傷風化，說他“挾妓女”“勾引士人妻女”“與無良輩遊庵院挾妓女，白晝同浴”。
著名的東林黨領袖顧憲成這麽說李贄：“李卓吾大抵是人之非，非人之是……學術到此，真成塗炭，唯有仰屋竊歎而已，如何？如何？”
意思是李贄這家夥，就是世上人都說對的，他偏要說錯，世上人都說錯的，他偏要說對，這麽跟人擰著來，如何能不得罪人？
有人一紙狀書遞到皇帝麵前，用一篇標準的誣陷範文把李贄打成了十惡不赦的思想犯。大臣們聲淚俱下地控訴著他的荒唐行徑，錦衣衛們則非常高效地把他關進了大牢。
當時，李贄已經是古稀高齡了，路都走不動幾步。他主動束手就擒，還對來逮捕他的人說：來人啊，快抬個門板來，讓我躺上去。於是，李贄就這麽被人用門板抬進了刑部大牢。
在牢獄裏，他亦無所畏懼，說：“今年不死，明年不死，年年等死，等不來死，反等出禍。”
李贄不畏死，可萬曆皇帝偏偏不想讓他死。
李贄太有名了，舉國上下，遍地都有他的粉絲，工部尚書劉東星曾請他寫書，文壇巨子袁氏三兄弟為了見他跑去陪住，就連意大利傳教士利瑪竇都和李贄交往甚密。
放在今天說，李贄就是一大流量明星，粉絲多，黑粉也不少，他若是死了，必是要震動整個網友界！
萬曆皇帝不打算逆流而行，而是要聽別人說一句皇恩浩**，所以隻把李贄關進大牢，一應吃穿都不含糊，還寬容地讓他在牢中吟詩作賦寫歪文：