決心既下，朱棣和姚廣孝便分別開始了緊鑼密鼓的準備工作。
朱棣所做的，無非是“拉攏軍官，勾結部隊，招募勇士”；姚廣孝呢，就在燕王府後苑替他訓練兵馬，修建地穴，打造兵器。做這些事情是會發出聲音的，解決的方法很簡單，就是多養點鵝鴨，這些家禽叫起來聲音之大，足夠掩蓋打造兵器的聲音了。
然而，朱棣的拉攏並非對每個人都有效，燕王府護衛倪諒就是這樣一個人。他把朱棣意圖謀反的事給告了，朝廷下令把燕王府的官屬統統抓了。
可是沒等朝廷動手，朱棣就得到了都指揮使張信的情報，於是決定立即起兵，理由都是現成的：齊泰、黃子澄這兩個家夥是奸臣，我要殺了他們，“清君側，靖國難”。
朱棣找的這理由很正當，因為太祖成法中，有一條就是專門針對靖難的。《皇明祖訓》規定，若是有權臣篡權，藩王有清君側的權力：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”
不過太祖成法中還有另一條規定，那就是藩王起兵必須首先得到皇帝召喚，且事成之後必須五日內離京，這個朱棣倒是當作沒看見了。
此時此刻的他，隻是需要一個借口。
公元1399年8月6日（建文元年七月初五），朱棣正式起兵。此後，朱棣在前線衝鋒陷陣，姚廣孝留守北平輔佐世子朱高熾。雖然姚廣孝沒有跟在朱棣身邊，但朱棣依舊什麽都聽他的。
比如公元1400年攻濟南，圍著打了三個月都沒拿下（朱棣還差點被山東參政鐵鉉設計用城門砸死），姚廣孝就寫信給朱棣說，將士疲憊了，再打下去不但沒用，可能還要吃虧，還是回來吧，於是朱棣就班師回朝了。回去稍做休整，姚廣孝又說，好了別歇著了，該繼續進軍了，朱棣便又繼續進軍，果然打了勝仗，擊敗了平燕將軍盛庸，破了戰略要地西水寨。鑒於之前三個月拿不下濟南的教訓，姚廣孝又寫信給朱棣說，不要去打濟南城池，繞過它直取京師（南京），那地方兵力單薄，攻下來一定不成問題。朱棣聽了他的，果然一路勢如破竹，不久就渡江進入了京師。