回疆已服屬於準噶爾，準部既平，似已一並收功，不用再舉，高宗初誌本然。乾隆二十年正月，甫動討準之兵，二月即傳諭西路參讚鄂容安：“漢時西陲，塞地極廣，烏魯木齊及回子諸部落皆曾屯戍，有為內屬者，唐初都護開府，擴地及西北邊。今遺地久湮，此次進兵，凡準噶爾所屬之地，回子部落內，伊所知有與漢唐史傳相合可援據者，並漢唐所未至處，一一詢之土人，細為記載，遇便奏聞，以資采輯。”此諭見《東華錄》，可見成功者自有意識，而事實正不如是之易也。數月內果平伊犁。而回部和卓木甫脫準部之羈絆，而準部則又有阿睦爾撒納之變，回部因有大、小和卓木之生心，鄂容安亦死於變中，回疆乃終用武力取之矣。
乾隆二十年平伊犁，大、小和卓木被羈於伊犁者，奉詔遣大和卓布拉呢敦先回，安撫葉爾羌等處，小和卓霍集占尚留伊犁。未幾阿睦爾撒納複變於伊犁，霍集占頗為阿用。二十一年三月清軍再入伊犁，阿睦爾撒納遁入哈薩克，霍集占亦遁歸葉爾羌，遂與其兄布拉呢敦共謀糾回眾據境自守。清廷方遣侍衛托倫泰赴葉爾羌、喀什噶爾撫諭大、小和卓，久未返。七月，定邊右副將軍兆惠自伊犁奏遣副都統阿敏道率兵往收阿克蘇、庫車、烏什各回部，且偵托倫泰信。是月，霍集占送托倫泰還，兆惠飭阿敏道馳往撫諭，霍集占驅率回眾，列城盡靡，庫車、拜城、阿克蘇等城阿奇木伯克（統理地方諸務之回官）鄂對等不從亂，奔伊犁。十月，兆惠奏霍集占作亂狀，令鄂對等從阿敏道進兵。鄂對在道聞親族被殺，各城響應，小和卓心腹阿布都已守庫車，勸阿敏道急歸，待大軍偕進。阿敏道不從，率索倫兵百、厄魯特兵三千，至庫車。霍集占在焉，閉城拒師。且詭言：“厄魯特吾仇，慮為害，撤還即降。”阿敏道遂命厄魯特兵退，以百索倫兵入城，為霍集占所執。明年遇害，從者數將及兵百人皆從死。是時準噶爾餘眾，以清軍自哈薩克撤回，複煽亂。兆惠駐伊犁，後路盡梗，整師東旋，至鄂壘紮拉圖。巴裏坤辦事大臣雅爾哈善以聞，詔趣（促）赴援，甫得脫歸。阿睦爾撒納又回竄伊犁，北疆軍事亟，兆惠檄參讚大臣富德追阿睦爾撒納，自駐濟爾哈朗地防回變。諭飭其不知緩急，蓋高宗知回部無遠圖，先以靖準部為急。五月，阿敏道死事事聞。九月，乃命兆惠等籌攻回部，詔授兆惠定邊將軍。二十三年正月，兆惠奏言：“沙喇伯勒厄魯特眾尚萬戶，請先剿除。”詔以參讚大臣雅爾哈善為靖逆將軍，專辦回部。四月，兆惠奏準噶爾之事將竣，請由伊犁趨回部。七月，命與雅爾哈善合兵以進。會雅爾哈善已圍庫車，霍集占來援，為清軍擊敗，入城拒守。城以柳枝、沙土密築甚堅，炮攻不能入。提督馬得勝穴地入城，已將及，雅爾哈善督之急，夜秉燧入穴開鑿，城上之敵見火光，於城內為橫溝，灌水入穴，清兵皆沒。鄂對告雅爾哈善：“庫車食且盡，霍集占必出走，城西鄂根河水淺可涉，北山通戈壁，走阿克蘇，分兵屯此二隘，霍集占可擒也。”不省。越八日，霍集占夜引四百騎，啟西門涉鄂根河遁。又數日，阿都卜克勒木複夜遁，餘頭人阿拉難爾等率老弱以城降。高宗聞失霍集占，怒，以納穆劄爾代為靖逆將軍，三泰為參讚，命兆惠至軍，斬疏縱之副都統順德訥，逮雅爾哈善及得勝返京師。二十四年正月，亦以失機鞫實正法。順德訥者，當霍集占逃出時，侍衛噶布舒知之以報，順德訥聞報，以夜不肯往追，令敵得渡河，據橋斷後者也。未幾，參讚哈寧阿亦論斬。