日清工作法有著科學的工作程序：確立目標，實施工作，檢查完成情況，最後還要進行工作總結。日清工作隻有按照這樣的程序運行，才能發揮基礎管理的真正威力。
按照日清管理係統，“日日清”的運行分三段九步。其中，第一段包含三個步驟：
1.製定目標和要求。在工作開始前召開例行會議，明確當天的目標及要求。
2.按目標和要求工作。生產係統按七項日清要求進行生產，職能係統針對七項日清，按“5W、3H、1S”的要求，實行瞬間控製。
3.填寫日清表。由主管每2小時公布一次巡視中發現的問題及處理意見。
第二段，即按組織體係進行班後的縱向清理，分五步：
1.自清。所有崗位的員工對當天的工作按日清的要求逐項清理，生產崗位填寫3E卡交組長，管理崗位填寫日清工作記錄交部門主管。
2.考核。由組長根據一天對每人各方麵情況的掌握進行考核確認，然後報部門主管。
3.審核。由部門主管根據當天對各組長情況的掌握，複核各組的3E卡，其本人則要填寫“日清工作記錄”報部門經理。
4.匯總。部門經理審核“日清工作記錄”，登記本部門日清台賬，並將當天職能分管工作中出現的問題、解決的措施、遺留的問題、擬采取的辦法等，匯總報給公司經理助理。
5.上報。公司經理助理複審後簽署意見和建議，反饋給各部經理，再由各部經理匯總報總經理。
第三段是總結歸納，即由各職能部門會同有關部門、有關崗位，對“日清”過程中反映出的問題進行分類分析，並在提出解決措施的基礎上，製定和完善相應的管理製度，提高薄弱環節的目標水平，並將這些經驗作為下一循環的依據。