本來，陸王學之所以是簡易直接的，主要是因為以心為本而以行為歸。但正視“心”的矛盾並嚴肅麵對它的蘇原，則重視主知性的工夫，於是強調從知到行的工夫之次序，以及連接知與行的諸多工夫的重要性。在蘇原看來，這原本是歸一即內外合一的，因而並非是外馳逐末的支離之見。所以蘇原立知行的先後次序，一方麵以知行為工夫的兩端兩用，一方麵以知行為一本，認為二者的作用雖有不同，卻是歸一的，在由知而行的過程中存在著“知行合一”的可能性。所以他把知與行譬喻為舟之槳舵、車之銜輪，一起推動舟車前進，並對這一比喻做了恰當的說明（同上）。
蘇原認為，知行分言，才能真正得“知行合一”；而忌諱分言，認為攝行於知、攝知於行即“知行合一”的陽明之說，卻是說一反成二，反而會使合一變得支離。他批判了陽明的“知行合一”論，認為其說隻是提倡力行，由於放棄了端正行的致知工夫，所以不能不陷於冥行。他還批判說，陽明從“致良知”的立場出發而主張“知行合一”，因為隻是任於知而放棄證明其是非真妄的學問，所以不能達到真知（參見《吉齋漫錄》上、下）。認為陽明的“知行合一”論是背離由知至行的“全體歸一”之聖學的，這就是蘇原的主張。
確立了工夫的次序，而認為這就是“全體歸一”之聖學的蘇原，對於《中庸》的道問學與尊德性，亦認為其中有先後次序之分而始為一體，並反對受陸學影響而把尊德性作為道問學之本的吳草廬之說（參見《吉齋漫錄》下）。根據同一主旨，他肯定朱子的“新民”說，而反對陽明的“親民”說，認為朱子之說是由上而下、由己及人、由親及疏之序的，這是在教養中設置先後次序而善得以萬物為一體的《大學》“明明德”主旨的；而陽明之說卻顛倒此次序而墮於墨子之兼愛，陷入孟子所謂的“生於其心，害於其政；發於其政，害於其事”之弊。在蘇原眼裏，這些都是誠**邪遁之尤（同上）。