屬於陽明嫡傳和現成派亞流的卓吾，高舉起“童心”（或“赤子之心”）這一人的自然率直之心的旗幟，並強調其重要性。他認為，“童心”是絕假純真的最初一念，亦即真心。損害“童心”的東西，最初是“聞見”，爾後是“道理”。“聞見”由於先入為主而造成固定的觀念，故妨礙“童心”的直接發露。而且越是讀書知理，就越失去“童心”。不循於“童心”的人是“假人”，假人所幹的事是“假事”，所說的話是“假言”，所作的文章是“假文”。卓吾把這些全都說成是失真的東西。所以他聲稱，以往被蔑視的戲曲小說之類是人情的真實描述，即“童心”本來麵目的描述，其文字是“真文”。而對於“六經”、《論語》《孟子》，他卻反而抱有懷疑態度，把它們稱作或者是史官的過褒之詞，或者是臣子的讚美之語，或者是迂闊門徒和愚昧弟子的綴拾暗記和無頭無尾之文（參見《李氏焚書》卷3，《童心說》）。
卓吾雖尊重人的自然心情，但並不主張放任自流。他認為，若是真的東西，就自然會生禮義，而其中必定有當然之工夫；但隻有基於自然，才能避免被人為的安排所歪曲（參見同上書卷3，《四勿說》，《讀律膚說》）。所以，工夫在卓吾看來也是相當重要的。這方麵的材料，隻要從他的藝術論中就可窺知一改正。卓吾指出，技藝和心（道）必須相即而渾一，這樣技藝才能神妙（參見同上書卷5，《樊敏碑後》，《詩畫》，《琴賦》，《逸少經濟》）。所以，此時的卓吾並不主張當下即是、當下現成說，反倒強調起漸修的重要性。
重視人情之素樸率直的卓吾，主張聽任我情之動，從而率直地行動、率直地談論。所以，他在對道學家進行批判時曾說：
每見世之欺天罔人之徒，便欲手刃直取其首，豈特暴哉！縱遭反噬，亦所甘心，雖死不悔，暴何足雲！（同上書卷2，《答友人書》）