巴斯德從小就想當一個有學問的人。可是，他不明白，自己要怎樣做才能當一個有學問的人。那時，有人得知巴斯德的這種想法後，覺得非常可笑，因為巴斯德的父親是拿破侖麾下的一位騎兵，完全是個沒讀過書的武夫。於是他就諷刺巴斯德說：“你如果能夠成為博士，那就成了一個有學問的人！”巴斯德可沒覺得這句話有什麽不妥，從此他認認真真地讀起了書，並在25歲時獲取了物理學博士學位。
既然是物理學博士，那就應該研究點什麽東西呀，可是，巴斯德竟然沒有找到一個研究課題。有人嘲笑他：“那你就研究‘生命的奧秘’吧。”原來當時的歐洲大陸，在知識分子中流行的是“自然發生論”，認為生命可以由沒有生命的物質中自然產生。比如：腐爛的木頭可以生出蛆來，腐爛的肉裏可以長出蒼蠅。甚至還有更玄乎的，有人稱，隻要在老鼠籠內撒些麵包屑，籠子內就會蹦出老鼠來。
巴斯德覺得，“生命的奧秘”還真是值得好好研究一下。隨著研究的深入，巴斯德發現有些理論是錯誤的。在1859年至1861年，巴斯德經過了認真的實驗，他將加溫煮沸的肉放在開口彎曲的瓶中，裏麵什麽蟲也沒長出來，因而強有力地駁斥了當時的理論。
現今在生物學課本上，都記載了巴斯德實驗的正確性。但是當時幾乎所有科學家都反對他。然而巴斯德仍然堅持自己的看法，並提出食物的腐爛是微生物的作用，他說：“微小的細菌，看起來是靜止的，但是隻要有合適的環境，也會遵守生命的法則來活動。”這一宣稱使得反對他的人更為激烈，並紛紛提出了更為棘手的問題來刁難他。
1867年，有人質問他：法國的蠶為什麽會生病？巴斯德根據三年實驗結果，分離出兩種致病的杆菌，發現了治療這種疾病的方法，並且無意間拯救了法國的蠶絲與服裝業。又有反對他的人提出：酒為什麽會自然變酸？1870年，巴斯德提出那是微生物的作用，並且提出高溫殺菌法，使酒保持新鮮；同樣的方法也可以使牛奶保持新鮮。他又拯救了食品業，反對他的人隻好勉強送他一個勳章。