元朝以中書省為相職，樞密使主兵謀，禦史台司糾察。尚書省之設，專以位置言利之臣。言利之臣敗，省亦旋廢。而六部仍存，為明清兩朝製度所本。設宣政院於中央，以轄吐蕃之境，亦為清代理藩院之製所本。元代製度，關係最大的是行省。前代的尚書行台等，都是暫設的，以應付臨時之事，事定即撤。元朝卻於中原之地，設行中書省十行禦史台二，以統轄路府州縣。明朝雖廢之而設布政、按察兩司，區域則仍元之舊。清朝又仍明之舊。雖然略有分析，還是龐大無倫，遂開施政粗疏，尾大不掉之漸了。唐初，惟京兆、河南稱府設尹，後來梁州以為德宗所巡幸，亦升為興元府。宋朝則大州皆升為府，幾有無州不府之勢。其監司所轄的區域則稱為路。元於各路設宣慰司，以領府州縣而上屬於省。然府亦有不隸路而直隸於省的。州有隸於府的，亦有不隸於府，而直隸於路的。其製度殊為錯雜。
明清兩朝的製度，大體相沿。其中關係最大的，在內為宰相的廢罷，在外為省製的形成。明初本亦設中書省，以為相職。後因胡惟庸謀反，太祖遂廢其官，並諭後世子孫，不得議設宰相。臣下有請設宰相的，處以極刑。於是由天子親領六部。此非嗣世之主所能，其權遂漸入殿閣學士之手。清世宗時，又設立軍機處。機要之事，均由軍機處徑行，事後才下內閣，內閣就漸漸地疏闊了。
六部：曆代皆以尚書為主，侍郎為副。清代尚、侍皆滿漢並置。吏、戶、兵三部，又有管部大臣，以至權責不一。明廢宰相後，政務本由六部直接處理。後雖見壓於內閣，究竟權力還在。吏、兵二部，尤真有用人及指揮軍事之權，清朝則內官五品，外官道府以上，全由內閣主持。籌邊之權，全在軍機。又明朝六部用人，多取少年新進，清朝則一循資格，內官遷轉極難，非六七十不得至尚侍。管部又係兼差，不能負責。於是事事照例敷衍，行政全無生氣了。