清查閹黨的案子持續了整整一年，朱由檢終於將幾個手握重權的閹黨分子扳倒，順便燒了他們的“經典”——《三朝要典》。這看似成就顯著，但行百裏者半九十，鬥爭遠未結束。無數官職不大、匿於角落的閹黨人員仍充斥著朝堂，他們未必有翻雲覆雨的本事，卻有蟻穴潰堤之潛質。
崇禎二年的正月，朱由檢召集了內閣的韓爌、錢龍錫和李標，還有吏部尚書王永光等人，開了一個會，要求他們確定逆黨名單。朱由檢生怕這幫人糊弄，親自指示了工作原則和操作方式，要求按照不同的罪行，將罪名定為不同等級，從首惡魏忠賢和乳母客氏，到給魏忠賢辦事及修生祠的人，甚至是讚美過魏忠賢的人，都要統統揪出、無枉無徇。他還特別強調此事要保密，大家做事要親力親為，不許假手於人。
這些內閣大臣得了指示，言辭鑿鑿要全力以赴，卻不過是嘴上說說，混官場又不是打仗，何必拚命。他們草草了事，列了四五十個劣跡明顯之人就罷手，免得四處樹敵、引火燒身。朱由檢看了並不滿意，下令接著查，加大力度查，絕不能給任何閹黨分子以任何漏網的可能。
對朱由檢來說，清查閹黨就是打仗，而且是一線。
再次查辦的大臣們顯然不懂或者裝作不懂皇帝的意思，二次上報的名單仍僅有幾十人。朱由檢感到被嚴重地糊弄了，非常生氣，嚴厲指責他們“不稱職”，要求加上內臣（宦官）一並清算。
大臣們實在不願蹚這渾水，都忙說自己是外臣，哪裏知道宮內的事情。朱由檢毫不留情，直接指出：“豈皆不知，特畏任怨耳！”用現在的話來說就是：“怎麽不知道，隻是怕擔責任怕樹敵罷了！”
為了敲打敲打這些大臣，朱由檢讓人擺出幾個大包裹，打開一看，裏麵裝滿了諂媚魏忠賢的奏疏（又稱“紅本”）。原來什麽人幹過什麽事，皇帝心裏早就有數。