卻說元順帝聞通州被陷，惶急異常，亟禦清寧殿，集三宮後妃及太子愛猷識理達臘，準備北行。左丞相失烈門及知樞密院事黑廝、宦官伯顏不花進諫道：“陛下宜固守京都，臣等願募集兵民，出城拒戰。”順帝道：“孛羅擴廓，屢次構亂，京中守備，空虛已久，如何可守？”伯顏不花大慟道：“天下是世祖的天下，陛下當以死守，奈何輕去？”順帝道：“今日豈可複作徽、欽？朕誌已決，毋庸多言！”伯顏不花再三泣諫，順帝拂袖還宮。到了黃昏，召淮王帖木兒不花及丞相慶童入內，囑令淮王監國，慶童為輔。兩人受命趨出，遂於夜半三鼓，開建德門，挈後妃太子北去。徐達率著明師進薄齊化門，將士填濠登城而入，達亦上齊化門樓，擒住元淮王帖木兒不花及左丞相慶童、平章迭兒必失樸賽不花、右丞相張康伯、禦史中丞滿川等，勸令歸降，皆不從，一律處斬，宦官伯顏不花先已自盡，元宣府鎮南威順諸王子六人亦為明軍所擒。達遂封府庫圖籍寶物，用兵守故宮殿門，不準侵入。宮人妃主令原有宦侍護視。號令士卒，秋毫無犯，人民安堵，市肆不移。於是遣將赴應天告捷，一麵命薛顯、傅友德、曹良臣、顧時等，率兵分巡古北諸隘口，一麵令華雲龍經理故元都，增築城垣，專待太祖巡幸。是段為元亡之結束。
太祖聞報，下詔褒獎北征軍，且以應天為南京，開封為北京，並訂定六部官製，各設尚書侍郎等官。先是明初官製，略仿元代，立中書省，總天下吏治。置大都督府，統天下兵政。設禦史台，肅朝廷綱紀。至是改立六部，定為吏、戶、禮、兵、刑、工等名目。後來胡惟庸伏法，複罷中書省，廢丞相等官，以尚書任天下事，侍郎為副。複分大都督府，為五軍都督府，統屬兵部節製，權力遠不如前。並增設都察院，統轄台官，這是後話慢表。敘述明初官製，以便閱者考核。