卻說燕王棣入京後，隻魏國公徐輝祖尚抵敵一陣，兵敗出走，此外文武百官，多迎謁馬前。燕王接見畢，馳視周、齊二王，相見時互相慰問，涕淚滿頤，隨即並轡歸營，召集官吏會議。兵部尚書茹瑺先至燕王前叩頭勸進。可醜。燕王道：“少主何在？”茹瑺道：“大內被火，想少主已經晏駕了。”燕王蹙額道：“我無端被難，不得已以兵自救，誓除奸臣，期安宗社，意欲效法周公，垂名後世，不意少主不諒，輕自捐生，我已得罪天地祖宗，哪敢再登大位，請另選才德兼備的親王，纘承皇考大業呢。”得罪是真，辭位是假。茹瑺複頓首道：“大王應天順人，何謂得罪？”言未已，一班文武官僚都俯伏在前，黑壓壓跪滿一地，齊聲道：“天下係太祖的天下，殿下係太祖的嫡嗣，以德以功，應正大位。”何功何德？燕王猶再三固辭，群臣固請不已。燕王道：“明日再議。”翌晨，群臣又叩營勸進。燕王乃命駕入城，編修楊榮迎謁道：“殿下今日先謁陵呢？先即位呢？”也是無聊之言。燕王聞言，即命移駕謁陵，一麵令諸將守城，大索齊泰、黃子澄、方孝孺等，分別首從，懸賞通緝。至謁陵禮畢，複回京安撫軍民，並諭王大臣道：“諸王群臣，合詞勸進，我實不德，未能上承宗廟，怎奈固辭不獲，隻得勉徇眾誌。王大臣等各宜協力同心，匡予不逮！”王大臣等唯唯聽命。遂詣奉天殿即皇帝位，受王大臣朝賀。可謂如願以償。
先是建文中有道士遊行都市，信口作歌道：“莫逐燕，逐燕日高飛，高飛上帝畿。”都人不解所謂，已而道士杳然。至燕王即位，方驚稱道士為神，這也不必細表。單說燕王即位，下令清宮三日，諸宮人女官太監，多半殺死，惟前曾得罪建文，方得寬宥。燕王召宮人內侍，詢以建文所在。宮人等無從證實，把馬皇後殘骸，稱為帝屍。乃命就灰燼中撥出屍首，滿身焦爛，四肢殘缺，辨不出是男是女，隻覺得慘不忍睹。燕王也不禁垂淚道：“癡兒癡兒？何為至此？”試問是誰致之？是時侍讀王景在側，由燕王問他葬禮。王景謂當以天子禮斂葬。燕王點首，便令將馬後殘屍，斂葬如儀。貓拖老鼠假慈悲。忽有一人滿身縞素，趨至闕下，伏地大哭，聲震天地。燕王聞著，即喝令左右速拿，當由鎮撫伍雲，拿住入獻。燕王凝視道：“你就是方孝孺麽？朕正要拿你，你卻自來送死。”孝孺抗聲道：“名教掃地，不死何為？”燕王道：“你願就死，朕偏待你不死，何如？”言訖，命左右帶孝孺下獄。原來燕王大舉南犯，留僧道衍輔佐世子，居守北平。道衍送燕王出郊，跪啟道：“臣有密事相托。”燕王問是何事？道衍道：“南朝有文學博士方孝孺，素有學行，倘殿下武成入京，萬不可殺此人。若殺了他，天下讀書種子，從此斷絕了。”雖是器重孝孺，未免言之太過。燕王首肯，記在心裏，所以大索罪人，雖列孝孺為首犯，意中恰很欲保全，迫他臣事。且召他門徒廖鏞、廖銘等，入獄相勸。孝孺怒叱道：“小子事我數年，難道尚不知大義麽？”廖鏞等返報燕王，燕王也不以為意。